Linux基础知识1

markdown语法的学习

参考mk介绍的PDF

xshell的登录服务器

登录、文件传输（可以在服务器中下载文件）

复习动图

设置粘贴键

ctrl+c 为终止

设置粘贴：在工具栏

字号

退出服务器：exit

目录

/home :大多数操作

查看linux的系统（谷歌）

帮助文档

查看内核版本：cat /proc/version

查看系统版本：lsb_release -a

绝对目录从根文件出发

保存

">"写名字（不保存">"之前的内容）

">>"保存之前的内容（不请空写入；追加在末尾）

rm

rm -rf domed 删除domed目录以及它所包含的所有内容

rm -i a* 删除当前目录下所有以字母a开头的文件，并且在每次删除时，提示用户进行确认

调用变量用$

权限：permission denied(看报错PDF）

通配符：匹配功能

ftp传输：上传 下载

目录分隔符：/

\转义符

^$表示空行

*没办法匹配.开头的，所以变成.*

通配符网上有很多详细的说明

能用tab（真实存在）；能粘贴；避免手打

cd

cd 返回家目录

pwd 查看绝对路径

cd .. 返回上一层目录

cd ../.. 返回到上二级目录

cd . 返回本层目录

cd / 切换到根目录

cd /test1 切换到目录/test1

cd dir 切换到当前目录下的dir目录 注意：是cd dir，而不是cd /dir

mkdir

mkdir -p this/that/theother 在当前目录下建立指定的嵌套子目录

touch

touch是建立文本

touch del{1..10}.txt

注意：{}在touch以及rm -rf中都有用到

命令cp——复制文件

cp afile afile.bak 把文件复制为新文件afile.bak
cp afile /home/bible/ 把文件afile从当前目录复制到/home/bible/目录下 注意：from和to中是存在一个空格的，空格相当于分界线
cp * /tmp把当前目录下的所有未隐藏文件复制到/tmp/目录下
cp -a docs docs.bak 递归性地把当前目录下的docs目录复制为新目录docs.bak,保持文件属性，并复制所有的文件，包括以句点开头的隐藏文件。为了方便起见，-a选项包含-R选项
cp -i 在覆盖前询问用户
cp -v 告诉用户正在做什么

ls

通常以.开头的为隐藏文件

ls -la 给出当前目录下所有文件的一个长列表，包括以句点开头的“隐藏”文件
ls a*列出当前目录下以字母a开头的所有文件
ls -l *.doc 给出当前目录下以.doc结尾的所有文件

ls -l详细显示

ls -ltrh顺序搭配不重要，重要的是-与空格的差别

文件夹(开头是d)

文件(该图中的.表示是隐藏文件)

mv

更名 :mv aflie bfile 将afile重命名为bfile

移动：mv afile /tmp 把当前目录下的afile移动到/tmp/目录下 注意：afile是文件，tmp是文件夹

mv test{,test1} 将test文件夹移动到test1中 注意:文件夹移动到另一个文件夹

more/less -s

history | less -S

输出结果命令 %>

> ：代表重定向到哪里

1 ：表示stdout标准输出，系统默认值是1

2 ：表示stderr标准错误

& ：表示等同于的意思，2>&1，表示2的输出重定向等同于1

回顾

编辑文本：vim

建立软连接：ln -s

ln -s 1.txt 1-s.txt 其中 “1-s.txt”是可更改的名称

切换路径:cd -

环境变量：$PATH

查看帮助文档 ：tree --help

cat

参考web：https://blog.csdn.net/xd_hebuters/article/details/79204812

压缩

tar -zxvf test.tar.gz -> 解压缩及解包获取文件

tar压缩 PDF

↓

阅览顺序：1-4-6 其次2

查看任务进程

ps -ef

可搭配|grep XXX

查看磁盘使用量

df -h

cut 按列可视化

ctrl+C:杀掉

less -s 慢慢查看

paste和cut 的连用

paste命令

fastq格式转化为fasta格式：

zless -S ~t3/rna_testdata/project/1.rna/2.raw_fq/SRR1039510_1.fastq.gz|paste - - - -|cut -f 1,2|tr '\t' '\n'|tr '@' '>'|less -S

去重命令以及如何查看chr的数目 （sort）

```zcat ~t3/rna_testdata/database/gtf/gencode.v29.annotation.gtf.gz |cut -f 1|sort|uniq -c````

find查找文件

find / -name '*.fa' 2> ~/error.txt

echo

查看对比：

bc

看PdF

cat输出文本

cat n1.txt

占位符 ~

ESC+：+wq 保存 退出

ls

和通配符结合*

ls *A*

grep()

https://www.jianshu.com/p/22a4324ddfdf

1、nl /etc/passwd | grep -w "root"

其中-w代表精准匹配（word）

2、nl /etc/passwd | grep -i ROOT

其中-i代表忽略大小写

3、ie代表或者

4、nl /etc/passwd | grep -c 'qmcui'

其中-c 代表匹配的字符出现了多少行

sed

参考web：https://www.runoob.com/linux/linux-comm-sed.html

echo $PATH|sed 's/:/\n/g'```

awk

awk倾向于一行当中分成数个“字段”处理；

公式为：awk '条件类型1{动作1} 条件类型2{动作2} ...' filename

参考web:https://www.cnblogs.com/lzeffort/p/7242762.html

举例说明1：

echo 1 2 3 |awk '{ print "total pay for", 2 * $3 }'```

awk的分隔符\t或者空格

awk的{}为外部必须是''

awk默认输出分隔符是空格键

echo $PATH|awk -F ':' '{print $1}'

-F：重新定义输入分隔符

举例说明2：

在家目录中可以进行操作

less -S gencode.v29.annotation.gtf.gz|grep -v '#'|awk '$3=="gene"{print $0}'|cut -f 3|sort|uniq -c


zless -S gencode.v29.annotation.gtf.gz|grep -v '#'|awk '$3=="gene"{print $0}'|less -S

​
​

安装miniconda，设置小环境

linux拷贝：

cp /home/t3/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh ~
ls
bash M(选择tab) 按一下enter
按空格
yes
安装路径 →enter
希望初始化信息放在init里面吗？yes
（no chang... modified..）
cat /modified...
Ctrl+G快速到末尾
source (激活) condra
配置环境变量echo $PATH
第四步

安装sh的软件 用bash

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学习web推荐：https://www.jianshu.com/p/12b342ef0793