一、miniconda3安装

1.miniconda3文件下载

按照时间排序，下载最新版本。下载地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

2.安装

sudo chmod +x Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh #赋予执行权限
sudo ./Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh  #执行文件

显示更多信息，一直回车
是否接受licese terms 输入yes
是否初始化，yes
安装成功

3.配置环境

dedit ~/.bashrc

然后向文件末尾加入如下语句以修改环境变量。修改完成后保存文件并退出，然后重启终端使其生效（或者使用 source ~.bashrc更新）:

export PATH=/home/用户名/miniconda3/bin:$PATH

4.测试是否安装成功

conda --version
conda 4.10.3

二、配置pygmt

1.创建环境

conda create --name pygmt --channel conda-forge pygmt

如果出现问题，确认是否关闭VPN

2.激活环境

conda activate pygmt

3.测试

forge pygmt安装了python3.9+pygmt的虚拟环境。直接输入import pygmt指令后，出现如下错误：

image.png

网上搜索发现原因是没有进入python环境。
解决办法：输入python后，再输入 import pygmt指令即可。

(pygmt) andyfay@andyfay-PC:~/software$ python
Python 3.9.7 | packaged by conda-forge | (default, Sep 23 2021, 07:28:37) 
[GCC 9.4.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pygmt
>>> pygmt.show_versions()
PyGMT information:
  version: v0.4.1
System information:
  python: 3.9.7 | packaged by conda-forge | (default, Sep 23 2021, 07:28:37)  [GCC 9.4.0]
  executable: /home/andyfay/software/miniconda3/envs/pygmt/bin/python
  machine: Linux-5.10.18-amd64-desktop-x86_64-with-glibc2.28
Dependency information:
  numpy: 1.21.2
  pandas: 1.3.3
  xarray: 0.19.0
  netCDF4: 1.5.7
  packaging: 21.0
  ghostscript: 9.54.0
  gmt: 6.2.0
GMT library information:
  binary dir: /home/andyfay/software/miniconda3/envs/pygmt/bin
  cores: 8
  grid layout: rows
  library path: /home/andyfay/software/miniconda3/envs/pygmt/lib/libgmt.so
  padding: 2
  plugin dir: /home/andyfay/software/miniconda3/envs/pygmt/lib/gmt/plugins
  share dir: /home/andyfay/software/miniconda3/envs/pygmt/share/gmt
  version: 6.2.0

继续测试

>>> fig=pygmt.Figure()
>>> fig.coast(region="g",frame=True, shorelines=1)
>>> fig.show()

image.png

完成
退出python模式

exit()

4.运行py脚本

首先要保证激活pygmt，在这个模式里输入代码：

conda activate pygmt
python3 first_figure.py

即可出现脚本的图像

备注

- 安装模块

运行下面代码查看python模块，缺失的话，安装

python -m pip list

缺失以下模块
(1)matplotlib, Matplotlib 是 Python 的绘图库。它可与 NumPy 一起使用，提供了一种有效的 MatLab 开源替代方案。它也可以和图形工具包一起使用，如 PyQt 和 wxPython。
(2)skiamge 需要改名字scikit-image
(3)statsmodels

pip 安装：

pip install matplotlib scikit-image  statsmodels

(4)cm_utils (https://github.com/craigmillernz)
直接安装setup.py出错，

python setup.py install
error: package directory 'cm_utils' does not exist

创建 'cm_utils' 文件夹，将 'cm_utils.py'复制进去，再次安装即可。然后复制两个文件夹进入/home/andyfay/software/miniconda3/envs/pygmt/lib/python3.9/site-packages

- deepin 鼠标变成十字，无法点击

原因：不小心在终端中import了python的包

解决方法：　输入ps -aux | grep import 找到进程，然后kill -9 id杀掉进程就ｏｋ了

- 换源

sudo dedit ~/.condarc

弹出文本添加
channels:

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

- 安装指定版本包

（1）pip

pip install pymc3==3.10.0

(2) conda

conda install pymc3=3.10.0

Deepin 安装miniconda3和pygmt