富集分析--R包--clusterProfiler下载安装与报错分析解决

        生信分析中富集分析是必不可少的，最常见是调用clusterProfiler包进行分析。clusterProfiler包功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。

        但clusterProfiler包依赖的包很多，不仅安装过程复杂、耗时长，而且经常出现各种各样的错误。对于生信小白来说，错误很难解决。本文总结常见的报错。

        clusterProfiler包的安装：

        R version 3.6以上版本：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")

        R version 3.6以下版本：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("clusterProfiler")

       按上述的方法安装很少出现问题了。

         安装报错的情况和解决办法：

1、clusterProfiler包使用有很多依赖包，经常出现依赖包安装失败情况（如下图）。解决办法也很简单：直接下载安装缺少的依赖包，下图的情况直接安装ggridges包，再library就可以正常使用。

 2、文件夹权限问题，导致部分文件不能读入。解决方法：需要重新设置R文件夹读入权限

 本人安装过程，出现这个报错，开始重新安装R和Rstudio也不行。最后升级为R-4.1.1版本终于在R中安装成功，但是在Rstudio中不能library（本人重新更改了包的安装路径）。最后在将下载完成的依赖包解压缩到Rstudio中发现部分文件不能读入，发现了权限问题。

! C:\Users\songyuyang\AppData\Local\Temp\RtmpGqkO4G\downloaded_packages\XVector_0.32.0.zip: 无法创建 F:\R-4.1.1\library\XVector\libs\x64\XVector.dll
  拒绝访问。
! C:\Users\songyuyang\AppData\Local\Temp\RtmpGqkO4G\downloaded_packages\zlibbioc_1.38.0.zip: 无法创建 F:\R-4.1.1\library\zlibbioc\libs\x64\zlib1bioc.dll
  拒绝访问。
! C:\Users\songyuyang\AppData\Local\Temp\RtmpGqkO4G\downloaded_packages\ape_5.5.zip: 无法创建 F:\R-4.1.1\library\ape\libs\x64\ape.dll
  拒绝访问。

解决办法：

        先进入自己的R安装位置，如我的为R-4.1.1，进入属性

         进入安全，在点击编辑，将所有的组或用户名全改为允许，在应用。

 最后按照文章开始下载clusterProfiler并安装，安装成功如下图：