KEGG enrichment富集分析我至今搞不懂原因的问题

最近做了人类和小鼠的RNAseq分析,在做KEGG enrichment同时遇到相同的报错,特地截图如下:

没错,就是说,

Error in download.KEGG.Path(species) : 

  'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'...

先贴出我小鼠的代码,再分析错误吧:

kk=enrichKEGG(gene = gene.df$ENTREZID,organism = 'rno', pvalueCutoff = 0.01) 

没错,上面报错就说我的organism='rno'在他们列表里是没有的

我做人类RNA时候(organism='hsa'),第一遍跑没问题,第二遍代码没变就报上面错误,我觉得很诡异呀,检查了,没问题,然后再跑,依旧报错,特地进入给出的网页http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html检查,绝对species没问题,那问题出在哪呢,那时候领导非说我物种没搞对,委屈巴巴。。。。

然后我就上网,发现了一个骚操作,没错,就是把'rno'改成‘rat’,人类的就改成“human”,跑起来,竟然成了。。。就提交给老板,老板表示很惊讶,认为算法更新了吧,我也就忘记了

后来又调整了数据,再跑(用rat了这次),结果又报了上面错,我就又改回“rno”结果竟然成了,好了,我明白了,以后遇到这种问题,就在human和hsa,rno和rat之间来回切换,总有一个能成,目前这种error发生的原因,我四处百度Google,都没有找到,自己解决办法就是两种表示换着来,总有一款适合的,希望忽然之间,我能找到问题答案吧。

顺便吐槽一下老鼠:

隔壁做创伤修复的老板拿来老鼠的数据让我们帮忙分析,我就习惯性的用mm(mouse)做index来跑,结果竟然mapping率超级超级低,我那时候差点以为是数据有问题,后面我老板一针见血说“人家的是rat,你用mouse来跑,能行吗?”好吧,我懂了,mouse和rat一个是家鼠一个是田鼠,按理说他们很相似呀,人和老鼠的genome都可以用,但就是不行, 无论咋说吧,还好这里面又各种index,ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-99/gtf/rattus_norvegicus下下来,hisat2跑起来,竟然好了,真的是神奇。

 

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