DAP-seq前期实验项目可行性分析—钟鼎生物

所有的实验都存在失败的风险，钟鼎生物会根据转录因子蛋白表达成功率、转录因子蛋白亚细胞定位分析、DNA结合蛋白结构域、DNA结合位点分析、基因组数据库完整性分析、转录因子数据参考等方面综合推算出项目的成功率预测分值。

①得分低于60，属于超级难度项目，失败风险概率较大，可做探索性尝试.

②得分60~80，属于正常难度项目，可控风险，大概率获得明确的靶标DNA结合位点.

③得分80以上，属于简易项目，建议开展项目，尽快获得所需数据.

下面我们结合一个案例来看一下DAP-seq的项目可行性分析。

1.转录因子物种序列信息

略。

2.转录因子蛋白跨膜结构分析

蛋白跨膜结构分析结果小结：

经分析，蛋白无跨膜结构，预测分布于胞外区。

3.转录因子蛋白亲疏水性分析

亲疏水性分析结果小结：

蛋白一级结构中，亲水性氨基酸与疏水性氨基酸均匀分布，蛋白整体呈现亲水性质。

4.转录因子蛋白表达定位预测

表达定位分析结果小结：

预测该蛋白定位于--细胞核。

5.转录因子蛋白结构域分析

通过蛋白序列再数据库中的比对，利用隐马尔可夫模型（HMM）分析蛋白结构域，该转录因子序列可以在pFam蛋白家族数据库中匹配到以下结构域。

5.1.典型匹配的结构域

5.2.非典型匹配的结构域

转录因子蛋白结构域分析结果小结：

该蛋白存在常见的转录因子结构域，该转录因子结构域存在文献报道。

6.转录因子蛋白DNA结合分析

转录因子蛋白DNA结合分析结果小结：

该蛋白序列中存在明显的DNA结合位点，结合位点如上图所示。

影响因素分值

TF蛋白亚细胞定位90

基因组数据库完整性95

DNA结合位点分析60

转录因子数据库参考85

DNA结合蛋白结构域75

TF蛋白表达成功率90

项目成功率预测：82.5%