NBT|人肠道菌培养组HBC

文章

标题：A human gut bacterial genome and culture collection for improved metagenomic analyses
译题：人肠道菌基因组和资源库改善宏基因组分析
期刊：NBT
时间：2019
单位：wellcome桑格研究所

摘要

了解肠道微生物组功能需要培养的细菌进行实验验证和参考细菌基因组序列来解释宏基因组数据集并指导功能分析。我们展示了人类胃肠道细菌培养物保藏中心 (HBC)，这是一套全面的 737 个全基因组测序细菌分离物，代表人类胃肠道微生物群中发现的 31 个科的 273 个物种（105 个新物种）。 HBC 将源自人类胃肠道微生物群的细菌基因组数量增加了 37%。由此产生的全球人类胃肠道细菌基因组收集 (HGG) 在 13,490 个鸟枪测序的宏基因组样本中按丰度对 83% 的属进行了分类，与人类微生物组计划 (HMP) 基因组收集相比，分类学分类提高了 61%，并实现了亚种级分类几乎 50% 的序列。胃肠道细菌参考序列资源的改进避免了对宏基因组从头组装的依赖，并能够对人类胃肠道微生物群进行准确且具有成本效益的鸟枪法宏基因组分析。