Seurat24节气之21大雪---vars.to.regress = "percent.mt"排除线粒体基因

大雪:降雪量增多,地面可能积雪。

与Seurat v2中一样,如何删除不需要的变化来源?

在其中,Seurat v2我们还使用该[ScaleData()](https://satijalab.org/seurat/reference/ScaleData.html)函数从单像元数据集中删除不需要的变异来源。例如,我们可以“消退”与(例如)细胞周期阶段或线粒体污染相关的异质性。这些功能仍然支持[ScaleData()](https://satijalab.org/seurat/reference/ScaleData.html)Seurat v3,即:

pbmc <- ScaleData(pbmc, vars.to.regress = "percent.mt")

但是,特别是对于希望使用此功能的高级用户,我们强烈建议使用我们新的规范化工作流程[SCTransform()](https://satijalab.org/seurat/reference/SCTransform.html)。该方法在我们的论文中进行了描述,此处使用Seurat v3单独绘制了一个小插图。与一样[ScaleData()](https://satijalab.org/seurat/reference/ScaleData.html),该函数[SCTransform()](https://satijalab.org/seurat/reference/SCTransform.html)还包含一个vars.to.regress参数。

你可能感兴趣的:(Seurat24节气之21大雪---vars.to.regress = "percent.mt"排除线粒体基因)