Rstudio包管理一网打尽，最全的R包管理终极教程

Rstudio/R的包（package）管理是个老生常谈的问题，很少有人去总结，因为大家都认为比较简单。今天我就把所有的安装和管理R包的方法一起写一写。

一、包在哪里？

CRAN

官方包CRAN，通常国内选择镜像，方法自行百度。

Bioconductor

Bioconductor，这个通常只有生物信息学的人才用得到。

Github

Github，不用多说，一般不太稳定，但是想尝鲜可以的。大部分CRAN和Bioconductor都是托管在Github上的。

二、自带安装方法（CRAN）

Install Packages from Repositories or Local Files

e.g.
install.packages("tidyverse")
必须要加引号。该命令默认安装的都是CRAN上的包
默认的包管理，其实完全可以不用命令，因为Rstudio已经给大家带了界面，完全可以点击几下就安装、删除、升级等操作，非常方便。

image.png

如果你还是觉得命令行才够装逼，那就用这个命令好了。不过这个命令，还有很多细节，
比如，默认情况下你输入包名，比如说"tidyverse", 会自动从CRAN上检索对应的包，然后进行下载。如果你希望指定安装本地包，或者一个具体的网络地址，参考代码如下:

# from url resource
install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5/Matrix_1.2-15.zip", repos=NULL)
# from local
install.packages("~/../Desktop/Matrix_1.2-15.zip", repos = NULL)

一次安装多个包

# multiple install
install.packages(c("slidify", "tidyverse", "devtools") )

大家还可以参考这篇文章R包安装函数"install.packages"函数详解

help

更多详细操作，请用help

# help
?install.packages()
# OR
help(package = "package")

查看已安装的R包（这个貌似没什么用）:installed.packages()
查看某个包的具体描述：packageDescription("tidyverse")

Vignette

Vignette，这个中文意思大概就是使用场景展示，我觉得比help更有用，因为通常都是开发者用实例说明，对于一个包的上手，特别有用。Vignette的方法有两种：

弹出网页浏览

browseVignettes(package="tidyverse")

image.png

在命令行浏览

这个方法并不推荐，因为要分2步

1. 先浏览一下这个package里面到底有几个Vignettes vignette(package = "rvest")
   这时候会弹出一个页面，在里面显示这个包到底有几个Vignettes
   

   image.png

2. 继续运行命令，找到你想浏览的那个vignette("harvesting-the-web ")，在右侧help面板就会弹出Vignette。
   

   image.png

How To Update, Remove And Check Installed Packages

#You can check what packages need an update with a call to the function:
old.packages()
#You can update all packages by using:
update.packages()
# Remove the packages
remove.packages("vioplot")

三、Bioconductor

是的!为了Bioconductor的包安装，Bioconductor单独做了一个用来安装的包程序。在R 3.5版本以前还有个方法，但现在R已经4.0了，不再推荐以前的方法。详见
https://www.jianshu.com/p/8e0dece51757
https://bioconductor.org/install/
现在的方法很简单，首先安装BiocManager包，然后就可以通过BiocManager下面的install命令来安装了。

install.packages("BiocManager")     
BiocManager::install("GEOquery") 

这里我特意解释一下::在R里面的究竟如何使用，是干什么用的。因为我们后面还会出现。

我们知道，在R中，要想使用某个包下的命令，必须先加载（library），否则系统会提示无该命令（function）。但我们有时候只用一下这个包的命令，没必要还先去加载它，因为加载的包越多，系统负担越重，越慢。所以，就有了::，它让我们不必加载这个包，就可以用它里面的命令。比如BiocManager::install("GEOquery")意思是用BiocManager抱里面的install命令来安装这个包。

四、devtools

devtools是个全能型选手，你几乎可以安装任何源头的包，首先是安装它install.packages("devtools")。在windows系统里，使用devtools必须先安装R配套的一个工具，叫做 Rtools on Windows，很多包都依赖这个工具，所以建议直接安装。并且要加入到你的环境变量，默认它在安装的时候会加入。不懂请百度“环境变量”。
下面就是这位全能型选手的命令：

• install_bioc() from Bioconductor,
• install_bitbucket() from Bitbucket,
• install_cran() from CRAN,
• install_git() from a git repository,
• install_github() from GitHub,
• install_local() from a local file,
• install_svn() from a SVN repository,
• install_url() from a URL, and
• install_version() from a specific version of a CRAN package.
  当然一般要在前面加 devtools::

if (!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("boxuancui/DataExplorer")

更详细的说明请见help文件或vignette

五、 remotes

remotes包与devtools基本相同，用法也基本相同，官方是这样定义它的：
This package is a lightweight replacement of the install_* functions in devtools. Indeed most of the code was copied over from devtools.
所以，我们强烈推荐用remotes取代devtools，因为它更轻，更小，更好用！而且支持所有的安装源，包括bioconductor
这里我就直接copy remotes的readme文件了。

Currently supported remote types

• GitHub repositories via install_github.
  remotes::install_github("gaborcsardi/[email protected]")
• Bitbucket repositories via install_bitbucket.
• Generic git repositories via install_git. They need either a system git installation, or the git2r R package.
• Local directories or package archive files via install_local.
• Remote package archive files via install_url.
• Packages in subversion repositories via install_svn. They need a system subversion installation.
• Specific package versions from CRAN or other CRAN-like repositories via install_version. This includes outdated and archived packages as well.
• All dependencies of a package in a local directory via install_deps.

Usage

# GitLab
Remotes: gitlab::jimhester/covr
# Git
Remotes: git::[email protected]:djnavarro/lsr.git
# Bitbucket
Remotes: bitbucket::sulab/mygene.r@default, djnavarro/lsr
# Bioconductor
Remotes: bioc::3.3/SummarizedExperiment#117513, bioc::release/Biobase
# SVN
Remotes: svn::https://github.com/tidyverse/stringr
# URL
Remotes: url::https://github.com/tidyverse/stringr/archive/HEAD.zip
# Local
Remotes: local::/pkgs/testthat

六、pacman

这个包，才是我们今天的王者，作者是Tyler Rinker，一位能与Hadley Wickham平起平坐大牛。pacman与另外一个包管理工具同名，在Linux 的Arch包管理和Manjaro都是用的pacman管理包。二者都叫pacman，但应该是不同的。
pacman之所好，是因为它简单，不需要那讨厌的“”，很多是连贯操作，而且命令也很短。而且它囊括了前面所有安装包的功能。

pacman依赖devtools，在使用前请安装并library

下面是一些常见的参考命令。

Installing, Loading, Unloading, Updating, & Deleting Packages with pacman

Quick Reference Table

pacman Function	Base Equivalent	Description
p_load	install.packages + library	Load and Install Packages
p_install	install.packages	Install Packages from CRAN
p_load_gh	NONE	Load and Install GitHub Packages
p_install_gh	NONE	Install Packages from GitHub
p_install_version	install.packages & packageVersion	Install Minimum Version of Packages
p_temp	NONE	Install a Package Temporarily
p_unload	detach	Unload Packages from the Search Path
p_update	update.packages	Update Out-of-Date Packages

一个命令，包含安装和加载，十分简单。p_load也是这里面最常用的命令
pacman::p_load(XML, devtools, RCurl, fakePackage, SPSSemulate)
除此之外，对上面的命令甚至还有很多简写，一样执行

Functions for installing, loading, unloading, updating, & deleting packages

• p_load
  Load One or More Packages
• p_install | p_get
  Installs & Loads Packages
• p_load_gh
  Load One or More GitHub Packages
• p_install_gh
  Installs & Loads GitHub Packages
• p_install_version
  Install Minimal Package Version
• p_temp
  Install a Package Temporarily
• p_unload
  Unloads package(s)
• p_update | p_up
  Update Out-of-Date Packages
• p_delete | p_del
  Permanently Remove Package Removal(s) From Library
  更多的功能，请去官方探索吧。Love pacman

如何更优雅

似乎我们该在安装前给一个判断，这个包事先有没有，如果有那就不要重复安装

if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
pacman::p_load(package1, package2, package_n)