chip-seq数据分析流程

chip-seq数据分析流程

1.chip-seq数据下载及更换名称

1.1.根据文献提供的ncbi的编号，下载sra数据。

1.2.更换文件名：更换后的文件名能表明数据所对应的实验组。

2.sra文件转换为fastq格式

2.1.下载及安装sra-tools软件（NCBI-download-download tools-SRA Toolkit  选择linux版本）

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz   #下载软件

tar xzvf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz  #解压

2.2.格式转换

fastq-dump -I --split-files file_name

3.quality control

软件fastQC、multQC、trim

3.1.软件安装

4.alignment 

软件bowtie2,samtools

4.1 下载及安装软件

4.1.1 bowtie2 软件

wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.3.4.2/bowtie2-2.3.4.2-linux-x86_64.zip  #下载软件

unzip bowtie2-2.3.4.2-linux-x86_64.zip #解压

4.1.2.samtools 软件

wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/samtools/samtools/1.9/samtools-1.9.tar.bz2   #下载软件

tar -xzvf samtools-1.9.tar.bz2 #解压软件

4.2.Indexing a reference genome

~/bowtie2-build ~/example/reference_genome.fa reference_index

4.3. mapping 

4.4.bam QC and PCR duplicates

samtools

4.5.bam2sam and sorted

5.peakcalling

软件MACS2