R语言学习.4-R包

R包是生信技能树生信爆款入门课程R语言部分的讲到的一个重要知识点。
为加深理解，简单总结如下。

1.R包(R package)介绍

程序包是什么？

R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。 包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。

为什么要安装程序包？

特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。 例如：作图包ggplot2，差异分析包limma等等。

2.R包来源

(1)CRAN网站

http://cran.r-project.org/web/views/

(2)Bioconductor

http://bioconductor.org/

(3)github

http://github.com

3.R包安装前需设置镜像

镜像

镜像网站相当于主网站的副本，在访问主网站存在障碍时，访问镜像 网站也可。

R和Bioconductor主网站位于国外，选择国内的镜像可加快访问速度。

镜像设置方法

方法1：tools–global option-packages-选择中科大或清华

方法2：代码设置

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

4.用于R包安装与加载的函数

R包来源决定安装使用的代码

• CRAN：install.packages()
• Biocductor: BiocManager::install()
• Github:devools::install_github()

安装后需要加载才能用

一次安装，每次打开新的session都要加载。

加载：二选一，不加引号,library()或require()

library() require()

library(tidyr)
require(tidyr)