1.简介

网址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar
ClinVar是NCBI主办的与疾病相关的人类基因组变异数据库。它的强大在于整合了dbSNP、dbVar、Pubmed、OMIM等多个数据库在遗传变异和临床表型方面的数据信息，形成一个标准的、可信的遗传变异-临床相关的数据库。ClinVar同时支持在线和下载到本地两种形式。

网站主页

clinvar是一个开放的数据库，每个研究机构都可以向其提交数据，对于提交的信息，会有专家团队进行审核评级。对于数据库中的位点，根据注释信息的可靠性，分成了1到4个不同的星级，星级越高，可信度越高。截至到2018年11月12日，数据库中所有记录统计如下：

clinvar主要整合以下四块信息：

ClinVar 采用的是星标系统（star-based system），可以评估某个特定突变在疾病中的本来或者注释作用。四星级是最高级，指这个突变的功能已经经过了多位专家的测评。这样详细审查过程的好处在于用户能信任三、四星突变的功能注释，但是在ClinVar 数据库中只有少量此类数据（3800个）。更多时候是只有一星的突变，这通常只基于单个提出注释功能的研究成果，还有没有星的，也就是提交者没有提供解释标准和支持证据。ClinVar 工具的一个问题在于其数据库中大多数临床上重要的突变（83%）都是某个家庭中独一无二的，或者非常罕见的。

2.在线搜索

搜索方式可以分为简单搜索和高级搜索。在该数据库中，提供了以下7种检索方式

gene symbols
HGVS expressions
protein change
rs number
disease
submitters
location on a chromosome

以PTEN这个gene symbol为例，检索出的部分记录如下：

从结果中，我们可以获知这个基因多种信息，其中有：

1.总体信息：在左侧栏目找到这个关键词的总体统计信息，同时这些信息也可以作为筛选条件而使用。
2.变异和位置信息：可以发现基因的变异位置、变异类型（C>T还是其他）、所在染色体信息等。
3.与其相关的疾病。
4.变异频率：这个minor变异类型在不同数据库中的出现频率，如GO-ESP：0.00054（T）表示在ESP数据中含有“T”的等位基因频率为0.00054。
5.临床意义：可以简单理解为这个突变对临床疾病的重要性。分为pathogenic（致病），likely benign（可能有害）等多个等级。
6.审核状态：因为这些临床意义是提交者自己定义并且提交的，因此有可能会对数据有一定误导作用，通过对数据的审核，有助于加强数据的可靠性。但不是每个数据都会有审核。

2.1 Interpretation

这部分会给出突变位点的临床意义Clinical significance, 和相关数据库的链接，这些数据库通常包含MedGen, OMIM, dbSNP, PubMed等。

2.2 Allele

这部分会给出allel的详细信息，包括变异类型，HGVS表达式等信息。

2.3 Assertion and evidence details

这部分会给出详细临床信息

3.FTP下载

下载地址：[ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/](ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/)

image

下载代码


## ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/
mkdir -p ~/annotation/variation/human/clinvar
cd ~/annotation/variation/human/clinvar
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/disease_names
mkdir vcf_GRCh37 && cd vcf_GRCh37
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/clinvar_20170130.vcf.gz
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/common_and_clinical_20170130.vcf.gz
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/common_no_known_medical_impact_20170130.vcf.gzwget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/clinvar_20170228.vcf.gz
wget  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/clinvar_20170228.vcf.gz.tbi

4.本地注释

~/biosoft/ANNOVAR/annovar/annotate_variation.pl -downdb -webfrom annovar -build hg19 -downdb clinvar_20170130 ~/biosoft/ANNOVAR/annovar/humandb/

~/biosoft/ANNOVAR/annovar/annotate_variation.pl --filter  -buildver hg19 -out clinvar_20170130_anno         -dbtype clinvar_20170130 jmzeng.annovar_input ~/biosoft/ANNOVAR/annovar/humandb/

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh38/clinvar_20180429.vcf.gz
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh38/clinvar_20180429.vcf.gz.tbi
java -jar  ~/biosoft/SnpEff/snpEff/SnpSift.jar  annotate clinvar_20180429.vcf.gz merge_snpeff.vcf >merge_clinvar.vcf

参考：

http://www.biotrainee.com/thread-991-1-1.html

http://www.bio-info-trainee.com/3321.html

https://www.clinicalgenome.org/site/assets/files/1594/landrum_clinvar.pdf

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【数据库-4】clinvar