「Debug R」在R里面调用特定版本Python会遇到的问题

我的电脑上按照了多个版本的Python,但是默认情况下用一些调用reticulate函数的函数会默认使用在环境变量中靠前的Python版本,因此出现了某些模块找不到的报错

报错信息如下


经过测试,的确没有该模块的信息

```R
>reticulate::py_module_available("louvain")
FALSE

使用py_config()检查Python配置

python:         /usr/bin/python
libpython:      /usr/lib64/python2.7/config/libpython2.7.so
pythonhome:     /usr:/usr
version:        2.7.5 (default, Apr  9 2019, 14:30:50)  [GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-36)]
numpy:           [NOT FOUND]
louvain:        [NOT FOUND]

发现Python依旧是系统的Python。我在处理问题的时候,尝试用use_python()指定版本,发现依旧不行。根据https://github.com/rstudio/reticulate/issues/45, 需要重启R,然后手动配置好Python环境

library(reticulate)
use_python("~/biosoft/miniconda3/bin/python", required = T)

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