跟着Nat Commun学作图 | 4.配对箱线图+差异分析

CELL_all.jpg

跟着Nat Commun学作图 | 4.配对箱线图+差异分析

今天要学习的图来自2021年10月29号发表在的Nature Communication上的一篇文章，题目是【新冠肺炎患者呼吸道菌群组成及其与宿主相互作用的临床研究】。今天先来复现其中的一幅配对箱线图。

Snipaste_2021-11-11_00-04-49

DOI:10.1038/s41467-021-26500-8

读图

Snipaste_2021-11-22_00-20-29

该图为患者使用药物(左侧，7例患者,14例样本)或机械通气(右侧，4例患者,8例样本)前后α多样性的患者内差异(检验方法：双侧Wilcoxon符号秩检验)。

示例数据及作图前准备

由于作者给开源的数据设置了权限，这里就对ggpubr自带的ToothGrowth数据集进行添加一列编号信息作为示例数据。

导入数据

# 导入数据并查看数据集格式
library(ggpubr)
data <- read.csv("test.csv")
head(data)
# id列用于配对

> head(data)
   len supp id
1  4.2   VC  1
2 11.5   VC  2
3  7.3   VC  3
4  5.8   VC  4
5  6.4   VC  5
6 10.0   VC  6     

绘制

ggpaired(data, x="supp", y="len", fill="supp",id = "id",
         add="jitter",line.color = "gray", line.size = 0.4,
         palette=c("#83B8D7","#354B99"),
         xlab="my test", 
         ylab="supp", title = "supp-length",
         legend.title="supp") + 
  # 秩和检验
  stat_compare_means(method="wilcox", paired = T, comparisons=list(c("OJ", "VC"))) +
  theme_bw() + 
  # 设置主次网格线
  theme(panel.grid.major = element_line(colour = "gray97"), 
        panel.grid.minor = element_line(colour = "gray97")) + 
  # 设置轴标题和图标标题
  theme(axis.title = element_text(face = "bold"), 
        plot.title = element_text(size = 14, 
                                  face = "bold"), legend.title = element_text(face = "bold"))
# 保存图片
ggsave(filename = "test.pdf", device="pdf", height=6, width=6, useDingbats=FALSE)

结果展示

Snipaste_2021-11-22_09-26-40

数据及代码

见原文：https://mp.weixin.qq.com/s/-t42ahh7yEeXCfxC0vnZsA

后记

关于更详细的代码讲解、作者的原代码的一些细节以及我修改的地方会在之后的视频教程中详细讲到，有兴趣的可以关注我的B站【木舟笔记】。

往期内容

1. 跟着Nature学作图 | 配对哑铃图+分组拟合曲线+分类变量热图
2. (免费教程+代码领取)|跟着Cell学作图系列合集
3. 跟着Nat Commun学作图 | 1.批量箱线图+散点+差异分析
4. 跟着Nat Commun学作图 | 2.时间线图
5. 跟着Nat Commun学作图 | 3.物种丰度堆积柱状图

---