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代谢组学结果在线分析：不同组差异代谢物高级韦恩图Venn的绘制——UpSet图

文章目录

    • 什么是UpSet图？
    • UpSet图在线分析网站
    • 数据准备
    • 生成结果图与调整

什么是UpSet图？

可以说是Venn图的变体，对于集合数据的可视化，适用于少量组别的数据集，一般用于转录组数据基因交集分析，而我最近在分析不同组别的代谢组数据的时候发现同理，下面以我自己数据为例，效果图如下：

代谢组学结果在线分析：不同组差异代谢物高级韦恩图Venn的绘制——UpSet图_第1张图片

UpSet图在线分析网站

  • 我这里直接用的是联川生物云平台，云工具-搜索-UpSet图
    代谢组学结果在线分析：不同组差异代谢物高级韦恩图Venn的绘制——UpSet图_第2张图片

  • 下载官方示例文件准备数据
    代谢组学结果在线分析：不同组差异代谢物高级韦恩图Venn的绘制——UpSet图_第3张图片

  • 列名是基因名称（那我的示例中就是代谢物名称），行名是样品分组名称，该样品检测到了列名，对应位置就标记为“1”，否则为“0”，具体整理见下方数据准备

代谢组学结果在线分析：不同组差异代谢物高级韦恩图Venn的绘制——UpSet图_第4张图片

数据准备

  • 网站有具体的视频教程，但简而言之就是所有组别鉴定到的物质名称并集作为一列，各组别包含这个物质就记为1，没有就记为0，下面进行示例：我要制作Rumen、Serum和Milk当中鉴定到的差异代谢物的Upset图
  • A列是Rumen、Serum和Milk当中鉴定到的差异代谢物的并集，F/G/H是Rumen、Serum和Milk分别鉴定到的差异代谢物，现在目标是若F列和An列有重合的数据，在Bn列就标记“1”，比如查找A2的(+/-)12(13)-DiHOME这个，物质是否在Rumen中存在，使用公式=IF(COUNTIF(F:F,A2)=0,"1","0")，同列下拉即可（更多求两列之间重复数据的公式可以参考 Excel表格中两列数据对比，找出异同的数据）

代谢组学结果在线分析：不同组差异代谢物高级韦恩图Venn的绘制——UpSet图_第5张图片

  • 都查找得到数据后，复制B/C/D后重新粘贴，选择仅粘贴数值，删除F/G/H列，即可保存上传网站进行分析

生成结果图与调整

不过多赘述，左侧参数调整区域可以设置字号、图形大小、坐标轴等，右侧支持导出PNG/PDF/SVG/TIFF等多种格式，可调整图片大小，并可以下载交集数据，效果在题头已经给出，更多可以自行摸索

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