10X单细胞轨迹分析之回顾

清明节了，放假期间好好放松一下自己，但是我仍然记得大学老师说过的一句话，放假休息的同时，总结过去，展望以后，所以说假期是一个承前启后的时间段，今天我们不讲新的东西，而是回顾一下单细胞轨迹分析的一些内容。

第一部分，降维，

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第一页其实在说明为什么我们数据分析的时候为什么先要用PCA降维，PCA降维到50-100维

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这一页讲了tSNE降维的原理和PCA的连用。那么第一个问题就来了，为什么我们要先PCA降维后再使用tSNE降维呢？看了PPT相信大家都有答案了吧

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第三页关于UMAP降维，现在明白为什么UMAP降维后的结果cluster之间的距离为什么变得远了吧。

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第四页，PHATE降维，优劣势一目了然。

第二部分，轨迹分析

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我们常见的轨迹类型。

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分析的一般过程

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发育基因的选择及优缺点

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可视化的方法，知道都是什么软件做出来的么？？？

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分化推断知多少

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推断软件哪家强？？？

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强强联手结果优

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空间轨迹如何断？？？

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方法总比困难多

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总结也是一种进步

生活很好，有你更好