多文解读：多基因分险得分（Polygenic risk score，PRS）应用

多基因分险得分（Polygenic risk score，PRS）的计算，我在去年的推文中就已经写过。

感兴趣的请见之前的推文：GWAS系列分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算

纵观这些年的GWAS文章，几乎都会应用PRS。

下面就此综述一下PRS有哪些应用场景。

1、SNP对表型的解释方差

应用PRS，可以计算SNP对表型的遗传解释方差，这是目前文献的主流做法。

如下截图，SNP对表型的遗传解释方差有5.2%。

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这个结果来自PRSice软件的生成的PRSice.summary结果文件。

截图来自文献：

Genome-wide association meta-analysis in 269,867 individuals identifies new genetic and functional links to intelligence

类似的文献：

Meta-analysis of genome-wide association studies for neuroticism in 449,484 individuals identifies novel genetic loci and pathways
Study of 300,486 individuals identifies 148 independent genetic loci influencing general cognitive function
Genome-wide Association Study of Posttraumatic Stress Disorder (PTSD) Re-Experiencing Symptoms in >165,000 US Veterans
Quantitative genome-wide association study of six phenotypic subdomains identifies novel genome-wide significant variants in autism spectrum disorder

2、预测疾病状态

这类的工作思路是，先计算PRS，每个个体得到对应的PRS值后，提取高风险（比如前2.5%）、中风险（中值）、低风险（比如倒数2.5%）的个体。

随后对高风险、中风险、低风险的个体的发病频率进行统计检验。

示例来自文献：

Fine-mapping of an expanded set of type 2 diabetes loci to single-variant resolution using high-density imputation and islet-specific epigenome maps

类似做法的文献：

Human pancreatic islet 3D chromatin architecture provides insights into the genetics of type 2 diabetes

3、多种疾病遗传共享（genetic overlaps）

比如研究精神疾病之间是否遗传共享，可以将精神分裂症的GWAS结果作为source，双向情感障碍个体的基因型作为target，计算PRS得分，如下截图所示:

比起双相情感障碍Ⅱ型（BD2），精神分裂症(SCZ)与双相情感障碍Ⅰ型(BD1)有更高的遗传共享;

比起双相情感障碍Ⅰ型(BD1)，抑郁症(DEPR)与双相情感障碍Ⅱ型（BD2）有更高的遗传共享；

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示例来自文献：

Genome-wide association study identifies 30 Loci Associated with Bipolar Disorder

source和target的概念来自PRSice，感兴趣的戳我之前的推文：GWAS系列分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算。

类似做法的文献：

Genome-wide association study of alcohol consumption and use disorder in 274,424 individuals from multiple populations

以上文献，应该都囊括了目前文献应用PRS的思路。

想要这些文献的在公众号bio生物信息后台回复“PRS”

讲一下为什么写这篇推文，昨天我发了个朋友圈，吐槽因我没及时回复陌生网友问题然后被删（逗）。有小朋友在下面回复让我多写一下多基因分险得分的推文。今天刚好周末，有时间就写了。反正看啥文献都是看，大家有需求，那我就写。如果你有什么希望我写一写的，也可以后台留言让我知道，我会根据需求的多寡发文。