问题介绍
给定一个序列,另一个序列满足如下条件时称为X的子序列:存在一个严格递增的X的下标序列,对所有的满足
给定两个序列和,如果同时是和的子序列,则称是和的公共子序列。最长公共子序列(LCS)问题指的是:求解两个序列和的长度最长的公共子序列。例如,序列和的最长公共子序列为,长度为4。
本文将具体阐释如何用动态规划法(Dynamic Programming)来求解最长公共子序列(LCS)问题。
算法分析
1. LCS的子结构
给定一个序列,对,定义的第i前缀为,其中为空序列。
(LCS的子结构)令和为两个序列,为和的任意LCS,则:
- 如果则且是和的一个LCS。
- 如果则意味着是和的一个LCS。
- 如果则且是和的一个LCS。
2. 构造递归解
在求和的一个LCS时,需要求解一个或两个子问题:如果,应求解和的一个LCS,再将追加到这个LCS的末尾,就得到和的一个LCS;如果,需求解和的一个LCS与和的一个LCS,两个LCS较长者即为和的一个LCS。当然,可以看出,LCS问题容易出现重叠子问题,这时候,就需要用动态规划法来解决。
定义表示和的LCS的长度。如果或,则利用LCS的子结构,可以得到如下公式:
3. 计算LCS的长度
计算LCS长度的伪代码为LCS-LENGTH. 过程LCS-LENGTH接受两个子序列和为输入。它将的值保存在表中,同时,维护一个表,帮助构造最优解。过程LCS-LENGTH的伪代码如下:
LCS-LENGTH(X, Y):
m = X.length
n = Y.length
let b[1...m, 1...n] and c[0...m, 0...n] be new table
for i = 1 to m
c[i, 0] = 0
for j = 1 to n
c[0, j] = 0
for i = 1 to m
for j = 1 to n
if x[i] == y[j]
c[i,j] = c[i-1, j-1]+1
b[i,j] = 'diag'
elseif c[i-1, j] >= c[i, j-1]
c[i,j] = c[i-1, j]
b[i,j] = 'up'
else
c[i,j] = c[i, j-1]
b[i,j] = 'left'
return c and b
4. 寻找LCS
为了寻找和的一个LCS, 我们需要用到LCS-LENGTH过程中的表,只需要简单地从开始,并按箭头方向追踪下去即可。当在表项中遇到一个'diag'时,意味着是LCS的一个元素。按照这种方法,我们可以按逆序依次构造出LCS的所有元素。伪代码PRINT-LCS如下:
PRINT-LCS(b, X, i, j):
if i == 0 or j == 0
return
if b[i,j] == 'diag'
PRINT-LCS(b, X, i-1, j-1)
print x[i]
elseif b[i,j] == 'up':
PRINT-LCS(b, X, i-1, j)
else
PRINT-LCS(b, X, i, j-1)
程序实现
有了以上对LCS问题的算法分析,我们不难写出具体的程序来实现它。下面将会给出Python代码和Java代码,供读者参考。
完整的Python代码如下:
import numpy as np
# using dynamic programming to solve LCS problem
# parameters: X,Y -> list
def LCS_LENGTH(X, Y):
m = len(X) # length of X
n = len(Y) # length of Y
# create two tables, b for directions, c for solution of sub-problem
b = np.array([[None]*(n+1)]*(m+1))
c = np.array([[0]*(n+1)]*(m+1))
# use DP to sole LCS problem
for i in range(1, m+1):
for j in range(1, n+1):
if X[i-1] == Y[j-1]:
c[i,j] = c[i-1,j-1]+1
b[i,j] = 'diag'
elif c[i-1,j] >= c[i, j-1]:
c[i,j] = c[i-1,j]
b[i,j] = 'up'
else:
c[i,j] = c[i,j-1]
b[i,j] = 'left'
#print(b)
#print(c)
return b,c
# print longest common subsequence of X and Y
def print_LCS(b, X, i, j):
if i == 0 or j == 0:
return None
if b[i,j] == 'diag':
print_LCS(b, X, i-1, j-1)
print(X[i-1], end=' ')
elif b[i,j] == 'up':
print_LCS(b, X, i-1, j)
else:
print_LCS(b, X, i, j-1)
X = 'conservatives'
Y = 'breather'
b,c = LCS_LENGTH(X,Y)
print_LCS(b, X, len(X), len(Y))
输出结果如下:
e a t e
完整的Java代码如下:
package DP_example;
import java.util.Arrays;
import java.util.List;
public class LCS {
// 主函数
public static void main(String[] args) {
// 两个序列X和Y
List X = Arrays.asList("A","B","C","B","D","A","B");
List Y = Arrays.asList("B","D","C","A","B","A");
int m = X.size(); //X的长度
int n = Y.size(); // Y的长度
String[][] b = LCS_length(X, Y); //获取维护表b的值
print_LCS(b, X, m, n); // 输出LCS
}
/*
函数LCS_length:获取维护表b的值
传入参数: 两个序列X和Y
返回值: 维护表b
*/
public static String[][] LCS_length(List X, List Y){
int m = X.size(); //X的长度
int n = Y.size(); // Y的长度
int[][] c = new int[m+1][n+1];
String[][] b = new String[m+1][n+1];
// 对表b和表c进行初始化
for(int i=1; i= c[i][j-1]){
c[i][j] = c[i-1][j];
b[i][j] = "up";
}
else{
c[i][j] = c[i][j-1];
b[i][j] = "left";
}
}
}
return b;
}
// 输出最长公共子序列
public static int print_LCS(String[][] b, List X, int i, int j){
if(i == 0 || j == 0)
return 0;
if(b[i][j].equals("diag")){
print_LCS(b, X, i-1, j-1);
System.out.print(X.get(i-1)+" ");
}
else if(b[i][j].equals("up"))
print_LCS(b, X, i-1, j);
else
print_LCS(b, X, i, j-1);
return 1;
}
}
输出结果如下:
B C B A
参考文献
- 算法导论(第三版) 机械工业出版社
- https://www.geeksforgeeks.org/longest-common-subsequence/
注意:本人现已开通两个微信公众号: 因为Python(微信号为:python_math)以及轻松学会Python爬虫(微信号为:easy_web_scrape), 欢迎大家关注哦~~