本周最新文献速递20210912
一、精细解读文献 一
文献题目： Deciphering osteoarthritis genetics across 826,690 individuals from 9 populations
不想看英文题目： 破译 9 个人群、 826,690 个人的骨关节炎遗传学研究
杂志和影响因子： Cell (IF: 38.637; Q1)
研究意义： 骨关节炎是导致残疾和疼痛的主要原因之一，超过 3 亿人受到影响。全基因组关联分析（GWAS）鉴定了 96 个骨关节炎风险变异位点，但这些位点只能解释一小部分表型方差，且目前发现的变异位点主要与膝关节和髋关节炎相关。
结论：
总共纳入9个人群、13个队列、826,690 个个体（177,517 名骨关节炎患者）、11 种不同部位的骨关节炎表型；
找到了11,897个显著的SNVs(p < 1.3 × 10-8)，223 个独立的信号、部分独立信号在不同的关节炎表型中存在重合，52个独立的信号之前未被报道过；
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对性别进行分层分析，发现了 3 个新的女性特有的风险位点，其中rs116112221最近的蛋白编码基因FANCL与人类卵巢早衰相关。此外，rs10282983在女性和男性中的作用方向是相反的(女性 OR = 1.15，95 % CI = 1.11–1.19，P= 2.21 × 10-14；男性 OR = 0.92，95% CI = 0.88–0.96，P = 5.16 × 10-4), rs10282983上的C8orf34被报道与腰臀比、足跟骨密度、骨关节炎相关；
对发病时间进行分层分析，发现了1个新的位点与早发型骨关节炎相关(rs148693048；p = 3.37 × 10-8，OR = 6.26，95% CI = 3.26– 12.00)；
对表型进行交叉分析，发现大多数SNVs（>60/100）与多种骨关节炎亚型相关，有 42 个SNVs在承重和非承重关节炎（手骨关节炎）间显示较强关联;
对多种表型进行遗传关联分析，发现骨关节炎与坐骨神经痛、纤维肌痛、头痛和背痛表型等存在较高相关性；
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整合精细定位、eQTL 共定位分析、动物模型数据、人类肌肉骨骼和神经元表型数据、功能基因组学和因果推断分析，鉴定了 77 个潜在的效应基因（至少有 3 个不同证据支持），其中CHST3、SMAD3和GDF5有6 个不同的证据表明它们参与骨关节炎过程；
对637 个基因（至少一种证据表明参与骨关节炎过程）进行药物靶标分析，发现 205 个基因存在于药物基因组数据库中，揭示其可作为潜在的临床治疗靶标；
文章链接：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00941-7
公开的资料：
- summary statistics：https://mskkp.org/
- code：https://github.com/hmgu-itg/Genetics-of-Osteoarthritis-1
二、精细解读文献 二
文献题目： A genome-wide association study with 1,126,563 individuals identifies new risk loci for Alzheimer’s disease
不想看英文题目： 1,126,563例样本的全基因组关联分析鉴定阿尔茨海默病新风险位点
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
研究意义： 迟发型阿尔茨海默病 (LOAD)是一种与年龄相关的多基因疾病，占痴呆病例的 50-70%。目前，只有一小部分阿尔茨海默病变异位点被鉴定出来。
结论：
总共包含13个研究队列、 1,126,563 个人；
通过荟萃分析鉴定了 38 个独立基因座、3,915 个显着变异位点5 × 10-8，7个基因座之前未被报道过；
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使用MAGMA、FUMA等进行组织类型、细胞类型和基因集富集分析，发现 LOAD 相关基因主要在脾脏、小胶质细胞、免疫细胞等富集；
结合DrugBank、免疫组织、大脑和小胶质细胞的eQTL数据，对38个基因座进行共定位分析，发现了19个共定位位点以及 9 个基因（TNIP1、MADD、APH1B、GRN、AC004687.2、ACE、NTN5、CD33和CASS4）；
为了进一步缩小causal区域，使用susieR对共定位的结果进行优化排序，发现多个先前未鉴定的基因座被susieR优化，说明先进行共定位分析再用susieR优化可有效检测新的causal位点。以 locus 7 的 rs871269为例 (PIP>0.99)，其位于TNIP1的内含子区域，为血液组织中GPX3、TNIP1和SLC36A1的eQTL位点，之前的文献虽然发现跟rs871269存在LD的rs34294852也支持rs871269为causal位点，但因为rs34294852不在1000G(EUR)参考人群中，导致先前文献的精细定位结果不认为 rs871269 为因果位点（缺乏足够多的证据）；
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00921-z
公开的资料：
- summary statistics：https://ctg.cncr.nl/software/summary_statistics
- code：https://github.com/dwightman/PGC-ALZ2
三、其他文献推荐
下面的文献也挺精彩的，但由于下不到原文，或博主时间有限，没法精细解读，故列出来供各位参阅；
当然，你们有精彩的文献想让我解读的（前提是一周内刚出炉的文献），可给我发pdf（然而可能种种原因，我不一定有时间解读，不要对我抱太高期待）；
文献题目： Large-scale cis- and trans-eQTL analyses identify thousands of genetic loci and polygenic scores that regulate blood gene expression
不想看英文题目： 大规模顺式和反式 eQTL 分析鉴定数千个调节血液基因表达的遗传位点和多基因评分
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00913-z
文献题目： Sex differences in genetic architecture in the UK Biobank
不想看英文题目： 英国生物银行基因结构的性别差异
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00912-0
文献题目： A single-cell and spatially resolved atlas of human breast cancers
不想看英文题目： 人类乳腺癌的单细胞和空间分辨图谱
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00911-1
文献题目： Genomic and phenotypic insights from an atlas of genetic effects on DNA methylation
不想看英文题目： 从影响 DNA 甲基化的遗传图谱中获得基因组和表型见解
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00923-x
文献题目： A compendium of uniformly processed human gene expression and splicing quantitative trait loci
不想看英文题目： eQTL Catalog：人类基因表达和剪接数量性状基因座资源库
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00924-w
文献题目： A functional genomics pipeline identifies pleiotropy and cross-tissue effects within obesity-associated GWAS loci
不想看英文题目： 功能基因组学管道分析发现肥胖相关 GWAS 基因座的基因多效性和跨组织效应
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-25614-3
文献题目： Different historical generation intervals in human populations inferred from Neanderthal fragment lengths and mutation signatures
不想看英文题目： 从尼安德特人碎片长度和突变特征推测人类群体不同历史的世代间隔
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-25524-4
四、工具或资源类介绍
文献题目： PUMAS: fine-tuning polygenic risk scores with GWAS summary statistics
不想看英文题目： PUMAS：使用 GWAS 汇总统计数据微调多基因风险评分
杂志和影响因子： Genome Biol (IF: 10.806; Q1)
文章链接：
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02479-9
文献题目： SUPERGNOVA: local genetic correlation analysis reveals heterogeneous etiologic sharing of complex traits
不想看英文题目： SUPERGNOVA：局部遗传相关性分析揭示复杂性状的遗传共享
杂志和影响因子： Genome Biol (IF: 10.806; Q1)
文章链接：
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02478-w
文献题目： MR-Corr2: a two-sample Mendelian randomization method that accounts for correlated horizontal pleiotropy using correlated instrumental variants
不想看英文题目： MR-Corr2：一种可校正水平基因多效性的两样本孟德尔随机化方法
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btab646/6367765?redirectedFrom=fulltext
致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
感谢小可爱们多年来的陪伴， 我与你们一起成长~