Blast本地化快速上手教程

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NCBI使用指南

步骤01：下载库文件

    使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载nr和nt等库文件，直接运行下列命令即可自动下载，或者fasta手动格式化数据库。

步骤02：格式化数据库

        示例：makeblastdb -in demo.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname

        参数说明:

        -in：待格式化的序列文件

        -dbtype：数据库类型，prot或nucl

        -out：数据库名

步骤03：序列比对

        蛋白序列比对蛋白数据库（blastp）

        blastp -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

        参数说明:

        -query： 输入文件路径及文件名

        -out：输出文件路径及文件名

        -db：格式化了的数据库路径及数据库名

        -outfmt：输出文件格式，总共有12种格式

        -evalue：设置输出结果的e-value值

        -num_descriptions：tabular格式输出结果的条数

        -num_threads：线程数

        核酸序列比对核酸数据库（blastn、blastx）

        blastn -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

        blastx -query demo.fasta -outdemo.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

        参数说明:

        -query： 输入文件路径及文件名

        -out：输出文件路径及文件名

        -db：格式化了的数据库路径及数据库名

        -outfmt：输出文件格式，总共有12种格式

        -evalue：设置输出结果的e-value值

        -num_descriptions：tabular格式输出结果的条数

        -num_threads：线程数

步骤04：参考资料

1.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/

2.http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

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