linux安装lammps(intel mpi)配合DeePMD-kit

linux安装lammps(intel mpi)配合deepmd

2021-03-15 By Junwu Chen

参考教程：http://t.cn/A6tmS3Aw

随着时间的变更，lammps版本提升、编译器更新等原因，本教程可能不会完全适用

1. 下载lammps最新稳定版源码包（可自行下载需要的版本的源码包:官方;github）

wget方式下载：

wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz --no-check-certificate

解压：

tar -xzf lammps-stable.tar.gz

2. 安装编译lammps

编译环境加载:

1. Intel开发套件(parallel_studio_xe_2018)加载，如我组服务器为：

source /opt/intel/parallel_studio_xe_2018/psxevars.sh

2. 高版本GCC加载(如v_7.5.0，此处采用module方式加载)，因为makefile是由GNU make编写

module load GCC/7.5.0

进入lammps安装目录:

cd lammps-29Oct20/src/

将DeePMD-kit中的lammps的模块文件拷贝至src/下，如果采用conda安装deepmd-kit，则运行：

cp -r $CONDA_PATH/envs/$ENV_NAME/share/USER-DEEPMD .

其中$CONDA_PATH为安装的anaconda或miniconda的路径，其中$ENV_NAME为用conda安装deepmd-kit的虚拟环境的名称。conda安装deepmd-kit的步骤见教程

选择需要安装的package：

1. 只安装deepmd-kit包 (此步目的是在lammps运行中可以调用deepmd类型的势函数文件)

make yes-kspace
make yes-user-deepmd

2. 选择安装其它的包(如不需要，跳过此步)

如：make yes-kspace yes-manybody yes-molecule

或：make yes-std && make no-lib

相关命令，详情见官方手册：

make package-status     # show which packages are currently installed
make ps                 # show which packages are currently installed
make yes-all            # install all packages
make no-all             # uninstall all packages
make yes-std            # install standard packages
make no-std             # uninstall standard packages
make yes-user           # install user packages
make no-user            # uninstall user packages
make yes-lib            # install packages that require extra libraries
make no-lib             # uninstall packages that require extra libraries
make yes-ext            # install packages that require external libraries
make no-ext             # uninstall packages that require external libraries

注意：有些软件包需要其它库依赖，无法安装，详情见官方手册

开始编译：

make -j 12 intel_cpu_intelmpi

其中的12代表用12核cpu并行编译，若之前编译过或编译失败过，请在正式编译前运行make clean-all