如何使用conda安装R和R包

如何使用conda安装R和R包

生物信息分析常遇到R和R包使用和安装问题，最新版的R包特别难安装，而conda可以很好的解决这个问题。conda的安装相对简单此处不再赘述。

1. R安装
使用conda安装R时，最好先使用conda create创建独立的运行的环境，这样不会由于不同程序的依赖关系而导致冲突；此外对于一些依赖关系复杂R包，其安装可能会破坏原有的R包环境，这时也可以新建一个conda环境。

conda info --envs  # 查看目前的conda环境
conda create -n R3.5  # 创建名为R3.5的环境
source activate R3.5   #激活R3.5环境
conda install r-base=3.5.1  #安装R 指定为R版本为3.5.1
conda deactivate # 退出当前环境
conda remove --name R3.5 --all #移除R3.5环境

2. R包的安装
安装好R包以后，下面可以进行R包安装。R包安装通常会遇到当前channel找不到R包的情况，这时可以使用anoconda进行搜索对应R包的channel；如果还是没有合适的，可以尝试运行R程序，使用install.package()或者BiocInstaller::biocLite("")直接安装该R包。

source activate R3.5 
conda install r-ggplot2#R包通常需要以r-开头
anaconda search -t conda r-ggplot2#若无法找到可以使用该命令搜索对应R包,此处的anaconda是原始conda的路径，而非R3.5环境下的
anaconda show BioBuilds/r-ggplot2 #显示该包的chanel
conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-ggplot2  #根据anaconda show进行安装

#install.packages(ggplot2)
#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
#    install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install("deseq2")