生信软件：phyml

摘自：http://www.chenlianfu.com/?p=2221
http://www.bio-info-trainee.com/tag/phyml

使用 PhyML 构建进化树

1. PhyML 简介

使用 PhyML 构建最大似然树。
参考文献：New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0

2. PhyML 的下载和安装

$ wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip
$ unzip PhyML-3.1.zip
$ mv PhyML-3.1 /opt/biosoft/
$ ln -s /opt/biosoft/PhyML-3.1/PhyML-3.1_linux64 /opt/biosoft/PhyML-3.1/PhyML
$ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/PhyML-3.1/' >> ~/.
$ source ~/.bashrc

3. PhyML 的使用

PhyML的输入文件为 phylip 格式。一般是clustalW或者muscle比对的结果
常用例子：

$ PhyML -i proteins.phy -d aa -b 1000 -m LG -f m -v e -a e -o tlr

这些参数在运行的时候都会显示出来

image.png

常用参数：

-i seq_file_name
输入文件，phylip 格式的多序列比对结果。
-d data_type default：nt
该参数的值为 nt, aa 或 generic。
-b int
设置 bootstrap 次数。
-m model
设置替代模型。 核酸的模型有： HKY85（默认的）, JC69, K80, F81, TN93, GTR ; 氨基酸的模型有：LG （默认的）, WAG, JTT, MtREV, Dayhoff, DCMut, RtREV, CpREV, VT, Blosum62, MtMam, HIVw, HIVb 。
-f e,m or fA,fC,fG,fT
设置频率计算的方法。 e 表示使用比对结果中不同氨基酸或碱基出现的频率来计算； m 表示使用最大似然法计算碱基频率，或使用替换模型计算氨基酸频率； fA,fC,fG,fT 则是 4 个浮点数，表示 4 中碱基的频率，仅适合核酸序列。
-v prop_invar
设置不变位点的比例，是一个[0,1]区间的值。或者使用 e 表示程序获得其最大似然估计值。
-a gamma
gamma 分布的参数。此参数值是个正数，或者使用 e 表示程序获得其最大似然估计值。在 ProtTest 软件给出的最优模型中含有 G 时，使用该参数。
-o params
参数优化的选项。t 表示对 tree topology 进行优化； l 表示对 branch length 进行优化； r 表示对 rate parameters 优化。
params=tlr 这表示对 3 者都进行优化。 params=n 表示不进行优化。

4. PhyML 结果

PhyML 的输出结果为：

proteins.phy_phyml_tree.txt        :    最大似然法构建的进化树
proteins.phy_phyml_boot_stats.txt  :    bootstrap 的统计信息
proteins.phy_phyml_boot_trees.txt  :    bootstrap 树
proteins.phy_phyml_stats.txt       :    程序运行的中的参数和结果统计