Python单细胞测序分析教程 - 1| 配置基本分析环境

2020.11.19第四次更新，本次更新增加了一个新的scanpy依赖包annoy的安装方法。

本教程适用于在新安装的Linux系统上安装Scanpy软件。

第一节：安装Linux系统

这里使用了WINDOWS10 子系统 Ubuntu-18.04 LTS (安装方法链接)

第二节：安装Anaconda环境

第一步：下载Anaconda安装包 Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64
百度网盘链接：https://pan.baidu.com/s/1DjY79SFXXfSvCZrq2X4YwA
提取码：056x

第二步：cd到Anaconda安装包的所在目录（本文是 /mnt/f/Linux），安装并指定安装目录

1. 进入Linux系统，此时当前目录为/home/wangyue，注意子系统在盘之间切换需要用cd /mnt/ 命令， pwd 查看当前路径.

wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ pwd
/home/wangyue
wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ cd /mnt/f
wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:/mnt/f$ cd Linux/

2. ls 查看想安装的当前目录下已下载好的Anaconda.sh文件；

wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:/mnt/f/Linux$ ls
Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

3. 第三步安装的命令分为5部分：/you/want/to/install是指用户准备安装的绝对路径

wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:/mnt/f/Linux$ sudo bash Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh -p /you/want/to/install -u

4. 在安装即将完成时，会有提示询问是否选择初始化，选择yes，会修改 ~ /.bashrc文件，并创建conda命令。

Do you wish the installer to initialize Anaconda3 by running conda init [yes|no]
>>> yes

全部完成后，提示了 For changes to take effect, close and re-open your current shell.（需要重新打开一个新的终端，才会生效）。因此退出终端重新进入。

第三节：配置基于python的单细胞分析环境

第一步：建立一个名为scanpy的conda虚拟环境并进入环境

(base) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda create -n scanpy python=3.6 

(base) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda activate scanpy
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$

第二步：添加国内镜像源

(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://anaconda.mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/pkgs/main
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://anaconda.mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/pkgs/free
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://anaconda.mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/pkgs/mro
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://anaconda.mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/pkgs/msys2
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://anaconda.mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/pkgs/pro
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda config --add channels https://anaconda.mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/pkgs/r

第二步：安装scanpy的必要依赖包

1. numba

(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda install -c conda-forge numba

2. python-igraph leidenalg

(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda install -c conda-forge python-igraph leidenalg

第三步：用pip安装scanpy

(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ pip install scanpy

第四步：安装scanpy部分扩展功能的依赖包

(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda install cython
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda install -c conda-forge gcc_impl_linux-64
(scanpy) wangyue@LAPTOP-FMOR2BIN:~$ conda install -c conda-forge python-annoy

至此，scanpy安装完成，在之后的分析过程中（比如处理批次效应和计算拟时序的时候），可以根据需求进一步安装其他附加功能的包。