一个介绍如何 从 一个 C 程序中 提交并行作业 的例子

http://g2.trac.bx.psu.edu/browser/lib/galaxy/jobs/runners/pbs.py?rev=1696%3Aaac0403bbe68

 

 

Code



 
199         # write the job script 
200         if self.app.config.pbs_stage_path != '': 
201             script = pbs_symlink_template % (job_wrapper.galaxy_lib_dir, " ".join(job_wrapper.get_input_fnames() + job_wrapper.get_output_fnames()), self.app.config.pbs_stage_path, exec_dir, command_line) 
202         else: 
203             script = pbs_template % (job_wrapper.galaxy_lib_dir, exec_dir, command_line) 
204         job_file = "%s/%s.sh" % (self.app.config.cluster_files_directory, job_wrapper.job_id) 
205         fh = file(job_file, "w") 
206         fh.write(script) 
207         fh.close() 
.
.
 # submit 
218         galaxy_job_id = job_wrapper.job_id 
219         log.debug("(%s) submitting file %s" % ( galaxy_job_id, job_file ) ) 
220         log.debug("(%s) command is: %s" % ( galaxy_job_id, command_line ) ) 
221         job_id = pbs.pbs_submit(c, job_attrs, job_file, pbs_queue_name, None) 
222         pbs.pbs_disconnect(c) 

 

从此 例可看出  脚本文件 *.sh 是 在 C程序中动态生成的.