R语言可视化之ggplot2——KEGG通路富集分析

之前分享了如何用ggplot2可视化GO分析的结果。既然做了GO，当然少不了KEGG了。

1. 数据准备

同样的，我们从DAVID获取KEGG pathway的结果。

对于KEGG，我比较喜欢做气泡图，这样用两种形式的图结合在一起，效果更丰富更好看一点。

2. 作图

library(ggplot2)
kegg<-read.table("kegg.txt", header=T, sep="\t")  #导入文件
ggplot(kegg, aes(x=Fold.Enrichment, y=Term)) + 
  geom_point(aes(size=Count,color=-1*log10(PValue)))+  #点的大小根据Count数变化，颜色根据P值变化
  scale_colour_gradient(low="blue", high="red")+  #设置图例
  labs(
    color=expression(-log[10](P.value)),
    size="Gene number",
    x="Fold enrichment")+
  theme_bw()+  #设置背景
  theme(
    axis.text.y = element_text(size = rel(0.8)),
    axis.title.x = element_text(size=rel(1.0)),
    axis.title.y = element_blank()
  )

ggsave(filename="kegg.png", height=6, width=4.8, units="in", dpi=600)  #保存图片

3. 结果如图

kegg.jpg