服务器配置个人R环境

大佬的文章：https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d

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菜鸡的文章：

小白一枚，仅供参考

服务器的Rscript命令默认使用服务器自带的，当你下载R包时也会将文件写入系统文件，但事实上你并没有这个权限：

[wangjiahao@submit3 ~]$ which Rscript
/sibcb/program/bin/Rscript
[wangjiahao@submit3 test_rDNA_Methy]$ more test.R
install.packages("affy")
[wangjiahao@submit3 test_rDNA_Methy]$ Rscript test.R
Warning in install.packages("affy") :
  'lib = "/sibcb/program/install/r-3.32/lib64/R/library"' is not writable
Error in install.packages("affy") : unable to install packages
Execution halted

因此你需要搭建自己的R环境来做生信分析。用miniconda来搭建。

1 下载安装包

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2 安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3 添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

4 配置.bashrc文件

此时你执行conda命令并不能成功，因为还没添加至你的环境变量里：

[wangjiahao@submit3 ~]$ conda --version
bash: conda: command not found...

打开.bashrc文件加入下面一句：

PATH=$PATH:/sibcb1/bioinformatics/wangjiahao/software/miniconda3/bin

保存退出后，source一下：

source ~/.bashrc

再次执行上述命令：

[wangjiahao@submit3 library]$ conda --version
conda 4.8.0

5 安装R

conda install r

6 修改Rscript的默认调用路径

同样修改.bashrc文件，使用alias（别名）功能：

alias r='/sibcb1/bioinformatics/wangjiahao/software/miniconda3/lib/R/bin/Rscript'

我用 r来代替了，因为打Rscript太麻烦了。

7 添加R包下载镜像

Rprofile文件的路径：~/software/miniconda3/lib/R/library/base/R/Rprofile

找到这个文件的方法：

find ~/software/miniconda3/ -name "Rprofile"

打开Rprofile文件，在最后添加：

local({
    options(repos='https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/')
    options(BioC_mirror='http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/')
})

8 安装R包

此时，你就可以安装你想要的R包了：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
        install.packages("BiocManager")
    BiocManager::install("packages_name")

包安装的位置：~/software/miniconda3/lib/R/library

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