Ubuntu安装Aspera和使用

1.安装Aspera connect

1.1下载：

wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.9/ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz

或者在windows下用迅雷下载。

1.2 解压后运行：

bash ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.sh 

提示：

Installing IBM Aspera Connect
Deploying IBM Aspera Connect (/home/luozhixin/.aspera/connect) for the current user only.
Install complete.

1.3 添加到环境变量

将aspera的目录添加到环境变量（上面括号中的路径）

echo "PATH=$PATH:/home/luozhixin/.aspera/connect/bin/" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

2.使用

2.1 prefetch + ascp

2.1.1安装 sra-tools

conda install -c bioconda sra-tools=2.9.6

版本不能高于2.9.6

cat SraAccList.txt |while read id;
do
prefetch $id -O ./;
done

老是报错：

2020-05-12 15-46-38屏幕截图.png

解决方法：在不同时间尝试，优先选择凌晨或早上。

2.2 单独使用ascp

命令结构

ascp -i [私钥] -T -K 1 -l [最大传输速度] [下载地址及SPA数据编号] [下载输出位置]

-i ****.sh为私钥，使用 linux 服务器的时候一般使用 asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥。
-T 不进行加密。若不添加此参数，可能会下载不了。
-l 设置最大传输速度，比如设置为200M 则表示最大传输速度为200m/s。若不设置该参数，则一般可达到10m/s的速度，而设置了，传输速度可以更高。