学习小组Day3笔记--Yoda

学习目的：用linux安装软件

1. 了解conda

• conda是linux环境下的软件下载器，就相当于我们的app store。可以满足我们的日常软件的下载使用需求。
• miniconda windows 64位安装包大小为51.4 Mb，只包含了conda、python、和一些必备的软件工具
• anaconda windows 64位安装包大小为462 Mb，是miniconda的扩展，包含了数据科学和机器学习要用到的很多软件。

2. 安装miniconda的操作步骤

• 找到conda的镜像网站

  
  

• 找到miniconda的下载地址

  
  

• 我们看到linux系统下的miniconda有两种版本：64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本

  
  

• 接下来，查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a

  
  
• 将脚本保存下来
  wget + 你复制的网址
  
  正在保存miniconda脚本
  
  sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

• 安装miniconda
  bash +你保存的脚本

  
  
  正在安装miniconda
  
  
  安装成功

• 激活miniconda
  source ~/.bashrc

  
  
  未激活会报错 激活后能运行了

3. 添加镜像内容

• 什么是镜像？
  所谓镜像，就是从主站把所有内容复制到镜像站。任何人愿意都可以复制到自己的电脑/服务器，生成一个镜像。一些主要的镜像被收录在镜像页，方便大家查找离自己近的镜像下载。很多国家都有本地的CRAN镜像，很多国家（比如中国）有很多CRAN镜像。（CRAN全称Comprehensive R Archive Network，主站在澳大利亚。

• 添加镜像

  
  
  添加镜像的代码

4. 使用conda

• 查看当前所有软件列表 conda list

  
  
  软件列表（部分）

• 在conda内搜索软件：conda search ###
  conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】

  
  
  正在搜索
• 安装软件：安装软件 conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装】

默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -

安装成功

• 卸载软件 conda remove fastqc -y

  
  
  卸载软件

5. conda环境

• 什么是conda environment?

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？办法就是分身,按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

• conda info --envs :查看当前的conda环境

  
  
  带星号的是默认环境

• 实战：处理转录组数据环境处理
  1）建立一个RNAseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  2）查看环境

  
  
  
  

  3）激活rnaseq环境：conda activate rna-seq