count,FPKM,TPM,CPM

read counts

• 比对到基因的reads数目；
• raw count为差异表达分析的输入数据，Deseq2等差异分析软件内部有标化方法。

RPKM:

• Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads
• RPKM=(1000000read counts)/(mapped readsgene length/1000)
• RPKM能够消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响

FPKM

• Fragment Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments
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• RPKM是针对早期的SE测序，FPKM是PE测序诞生之后对RPKM的校正。

TPM

• Transcripts per million

  
  
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• 同RPKM一样，RPM对基因的长度进行了校正，计算比对到基因上的reads/基因长度得到长度校正的表达量reads per kilobase（RPK），再以文库中RPK之和作为Scale Factor求出TPM；
• 与RPKM用read counts之和作为文库校正因子相比，TPM用RPK之和作为文库校正因子的好处是考虑了不同岩本之间的基因长度分布。

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