R包Oligo/Oligoclass报错

> library(oligo)

载入需要的程辑包：BiocGenerics

载入需要的程辑包：parallel

载入程辑包：‘BiocGenerics’

载入需要的程辑包：oligoClasses

Error: package or namespace load failed for ‘oligoClasses’:

'namespace:ff'没有出口‘open.ff’, ‘close.ff’这个对象

错误: 无法载入程辑包‘oligoClasses’

Oligo和Affy一样是处理芯片数据的包，可以读取CEL文件进行rma或者mas5标准化。在最近安装Oligo包之后出现上述报错

报错原因：Oligo的依赖包OligoClasses的依赖包ff（此处套娃）在今年7月份更新了一次，从version 2.2-14升级到version 4.0.4，更新之后ff包内open.ff和close.ff两个函数，更名为open和close。但是Oligo和OligoClasses并没有及时更新，调用的依旧是open.ff和close.ff两个函数名，因此会显示无法调用这两个函数（没有出口这两个对象）。

解决办法：卸载ff 4.0.4, 安装旧版本ff即可解决。代码如下：

remove.packages('ff')

require(devtools)

install_version("ff", version = "2.2-14", repos = "http://cran.us.r-project.org")

此处可能再次报错：

Error： package or namespace load failed for 'ff': .onLoad failed in loadNamespace() for 'ff',details: call: .Call("getpagesize", PACKAGE = "ff")

error:程序包"ff"里"getpagesize"不适用于.Call()

这是因为我们提前安装并加载了依赖ff的OligoClasses以及Oligo，建议重启R之后再运行上述代码，

再次加载Oligo，可以正常使用。