跟着 NC 学作图 | 互作网络图进阶(蛋白+富集通路)(Cytoscape)

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今天我们复现一幅2020年发表在nature communications上的相互作用网络图。

Title：Immune suppression in the early stage of COVID-19 disease

DOI：10.1016/j.cell.2020.07.009

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读图

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如图显示抗原加工递呈、补体活化、细胞对趋化因子的反应、免疫反应的调节、T细胞活化、T细胞受体信号通路等蛋白质的相互作用图。绿色实线代表抑制；红色实线代表激活;灰色虚线表示GO富集通路。从红到绿的色条表示蛋白质水平由高到低的倍数变化即foldchange。以-log(p value)表示的通路富集的显著性，以深蓝色为最显著的颜色表示。

本图需要的信息包括：

• 蛋白互作信息，这个信息可以从STRING上获得，
• 蛋白量倍数变化值也就是Fold change，由差异分析得到
• 然后是通路与蛋白之间的关系，这个我们可以在R中进行GO富集分析然后对数据进行整理，GO term的p值由富集分析得到。

复现结果

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示例数据和代码领取

详见：https://mp.weixin.qq.com/s/0R5CdTYDaW12i1J0IdWSSw