2021-05-28 EigenGWAS 使用排雷记录（非正式）

这几天一直在上海 北京交流，和很多实验室的老师同学一起讨论问题，感觉学到了非常多的知识。

虽然EigenGWAS 已经基本成型，在线网站 www.eigengwas.com 也已经做好发布，但是目前来看很多实验室在使用EiegenGWAS 的过程中还是遇到了很多的问题，特别是数据量大了之后，要么是跑不动，要么是P值的精度出现问题，导致曼哈顿图奇形怪状。经过交流和排查，这些问题基本上都解决了，我也是记录一下，以免以后忘记。

PS.其实软件还在不断完善和更新，所以要及时关注新的内容

1. 在线网站www.eigengwas.com 数据上传问题（只有一个文件）
   需要同时选择三个文件(bed bim fam)一起上传才行，一个一个选择的话，最后只有一个文件会上传。

2.如果用Rstudio跑程序, 需要用管理员权限运行

3. 命令行版本的eigengwas, 因为软件封装了plink，所以要chomd 777 (我的行为有点粗暴) plink，才能正常运行

4. 需要对应的安装R包，记得换版本

5. 本地版本的EigenGWAS适合跑大数据，可以根据需要不断进行调试

6. 目前有些图画出来不行，其实原因非常复杂，有数据质量的问题，有标记本身的问题，也有质控没有做好，需要case by case 才能确定

7. 问题继续更新，我会继续搜集问题。