snpEff安装及建库

# snpEff安装及使用： #### 1.安装（推荐这种方法而不是conda） 参考: http://pcingola.github.io/SnpEff/download/ ``` # Download latest version wget https://snpeff.blob.core.windows.net/versions/snpEff_latest_core.zip # Unzip file unzip snpEff_latest_core.zip ``` #### 2. 配置自己要注释的基因组及注释数据库 参考：http://pcingola.github.io/SnpEff/se_faq/（可以通过 GTF, GFF, RefSeq or GenBank files建库，官方推荐GTF文件，方法最简单） 下载方法： 从下面网址找自己要的基因组:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/（因为这个下面的文件夹总是变来变去，所以从这个总网站进去自己翻最方便）找refseq再找到物种的fna.gz文件以及gtf.gz文件 我要下载的是肺炎支原体(https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/bacteria/Mycoplasma_pneumoniae/latest_assembly_versions/GCF_900660465.1_50648_A01-3/)： - 建库 文件夹结构： snpEff ├── SnpSift.jar ├── **data** │ ├── **mp2019** │ │ ├── genes.gff │ │ └── snpEffectPredictor.bin #建库成功后会显示 │ ├── **genomes** │ │ └── mp2019.fa ├── examples/ ├── galaxy/ ├── scripts/ ├── snpEff.config └── snpEff.jar ``` # 1.解压改名 mkdir data cd data mkdir genomes #fa文件都放这个文件夹 gzip -d GCF_900660465.1_50648_A01-3_genomic.fna.gz mv GCF_900660465.1_50648_A01-3_genomic.fna mp2019.fa cd .. mkdir mp2019 cd mp2019 gzip -d GCF_900660465.1_50648_A01-3_genomic.gtf.gz mv GCF_900660465.1_50648_A01-3_genomic.gtf genes.gtf #必须要这样改！ # 2. 将genome添加到配置文件中 cd snpEff vi snpEff.config #(shift+g到最后一行进行编辑) #将以下部分写进去 #--------------------------------------------------------------- # my own databases # Mycolasma_pneumoniae genome,version mp2019 mp2019.genome : Mycolasma_pneumoniae # mp2019.chromosomes: NZ_LR214945.1 这一步是为了指定密码子版本（常见的物种比如人不需要加这步） mp2019.NZ_LR214945.1.codonTable : Mycoplasma # 3. 建库 java -jar ./snpEff.jar build -gtf22 -v mp2019 ``` **不同物种密码子版本请参考**： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/index.cgi?chapter=tgencodes#SG11