揭开生命的底层逻辑,是冷冰冰的物理定律(三)

01 什么才是生命?

我们一直以为,生命是至高无上的东西,“灵魂”才是生命的核心,但是灵魂这个东西,看不见摸不着,在观念层面也无法被挑战,反而阻止了我们对生命的科学探索。

浙江大学生命科学研究院教授王立铭的这本《生命是什么》总结出生命的三个基本点:物质、能量和复制。

第一,物质:没有物质生命无从谈起。解剖过人体,我们从未发现知识、智慧、灵魂这种东西存在,只有细胞组织,而将细胞继续分解到最后,不外乎就是碳、氢、氧、氮四大元素(占生命元素的95%以上)。

第二,能量:不能利用外部能量在体内形成“负熵,生命就无法持续。第一篇提到的熵增定律告诉我们:如果不吸收外界能量,生命体就会不断熵增,直到熵增最大化了就是死亡。为了对抗熵增定律,生命必然需要不断吸收外部能量,在生命体内形成有序的运作。

第三,复制:通过复制实现演化和改进。我们传承着几十亿年前原始生物的基因,这些基因在每次复制中,都在不断地变异和重组,形成了丰富多样的生命。

三者相互关联:物质是基础,获得能量则让物质排列变得有序(熵减),复制可以改善获得、使用能量的效率,这就是生命,基于的是妥妥的物理结构和性质。


02 一切都有理由,来自生命的 10 大感悟

下面是我对生命的 10 大感悟,我感叹生命如此精彩,但却归于简单的物理定律和常识(化学的底层还是物理)。

1、最好的原料一定会被用上

  • 宇宙最丰富的元素是氢、氦、氧、碳、氮、氖,其中,氦、氖基本不参与化学反应,而构成我们身体的前四大元素,刚好就是氧、碳、氢、氮。

  • 碳元素:碳原子能支持 -4、-3、-2、-1、0、1、2、3、4 这么多种化学价,除了硅元素外绝无仅有,但从化学的角度上看,硅键比碳键强得多,难以发生反应,所以碳成为了生命元素。

  • 水:是能让分子产生互动反应的液态溶剂,万物只有水分子能在地球的环境(0-100℃、1帕气压) 稳定存在。

  • 氧气:氧气会自然氧化分解有机物,所以氧气会扼杀生命的,是名副其实的毒气。但最早的地球氧气极少,原始生物得以诞生,但是随着地球氧气越来越多,厌氧生物逐渐消失,那些能利用氧气的生物演化了出来。所以,我们要用演化的视角看问题:别看今天的地球环境宜居,但是很可能无法让生命从无到有地诞生演化! [2]

最终,那些最普通、最多的东西,都被我们的生命用上了,这就是演化中冥冥注定的东西。


2、生命物质并不特殊,是可以自然形成的

1952年,米勒在烧瓶中模拟了原始地球海洋环境,在几天内就发现了生命的重要组织:氨基酸。我们曾经以为组成自己的物质多么特殊,本质上也不过是自然合成的东西。


3、能量的消费,演化出了一个货币系统

人类生命的主要能量是葡萄糖,葡萄糖就如你养的一头羊,如果去买个午餐,用羊去换就浪费了,这种原始的“物物交换”十分不便,因此生命神奇地“设计”出了 ATP 这样的能量通用货币,生命要使用能量,先要将葡萄糖的能量转变为 ATP(变成现金),然后通过 ATP去消费,这样,我们的运动、呼吸、心跳、分泌激素、思考等需要消耗能量的场景,就可以按需向 ATP 索取能量。

ATP 就如我们手上的现金(注1)

我们看到:我们人类设计的各种合理机制,生命早就演化出来了!


4、生命能量的转换,竟然与现代的抽水蓄能电站原理相同

如果去研究葡萄糖转化为 ATP 的过程,就会发现这个机制竟然与工业时代的抽水蓄能电站雷同,蓄能电站的水从高往低走,将重力势能转变为电,而 ATP 合成酶,则利用带正电荷氢离子浓度差的化学势能,生产出了 ATP,这都是纯粹的物理性质。

细胞内的微型抽水蓄能电站(注1)

沿着这条线索,科学家提出了生命起源的假说,原来,在海底热泉口,其特定的环境造就了天然的氢离子浓度差,地球上最原始的生命,很可能就是利用这个天然的离子浓度差获取了能量,这个细胞内的“抽水蓄能电站”是生命诞生留下的印记


5、降维编码中的玄机

DNA 展开是碱基分子的一维(线性)结构,而蛋白质是各种氨基酸分子通过复杂折叠形成的三维结构。

生命为什么不是直接复制蛋白质,而是先复制 DNA,再按照 DNA 记录的信息密码去造蛋白质?这个答案很简单,复制一维的信息更加可靠简单,就如你去抄袭一座大厦的设计,当然是抄袭一维的大厦设计方案,比看着大厦的三维结构去抄袭更加精确和简单。

更有趣的是,为了复制,DNA 对蛋白质形成了最佳的编码机制,组成 DNA 的碱基分子有 4 种(A、T、C、G),而组成蛋白质由氨基酸分子组成的,氨基酸有 20 种,那么,4 种碱基分子是如何表达 20 种氨基酸的呢?下表是对应的可能性:

  • 1 个碱基能对应 4 种氨基酸 (A、T、C、G)
  • 2 个碱基能对应 4 的平方 =16 种氨基酸
  • 3 个碱基能对应 4 的三次方 =64 种氨基酸
  • 4 个碱基能对应 4 的四次方 =256 种氨基酸

事实上,生命恰好演化出 “3 个碱基分子来表达 1个氨基酸分子”的编码设计,这即能满足 20 种氨基酸的表达(64>20),又不显得浪费,演化总是符合最简单、高效、不浪费的原则。

3个碱基对应1个氨基酸(注1)


6、鸡和蛋的终极解决方案

先有鸡还是先有蛋是一个悖论问题,科学家发现:DNA 需要各种蛋白质协助才能做到复制,而蛋白质则需要 DNA 的密码才能生产,蛋白质和 DNA 就存在这个”鸡和蛋“的问题。

结果,科学家发现了第三种物质 RNA,生命的复制其实是把 DNA 转录为 mRNA(信使 RNA),再根据 mRNA 记录的信息去生产蛋白质,为什么要多此一举?诺奖得主沃特·吉尔伯特提出了合理的假说:

在生命的开始,既没有DNA也没有蛋白质,而是 RNA 分子身兼两职:既能代替 DNA 存储遗传信息,又能代替蛋白质推动各种生物化学反应。

原来,RNA 才是生命开始的中心,相比 RNA,DNA 的化学性质更加稳定,在自我复制的过程中出错率更低,蛋白质又是更好的生命活动催化剂,在后续的演化中,逐渐形成了明确分工的 DNA 和 蛋白质,RNA 因为效率而被“去中心化”了。

你看,去中心化并实现分工合作的优势,这个自由贸易的经济学原理在生命的底层就这样出现了,“鸡和蛋”的难题,只不过是无知的我们瞎操心而已


7、“共生”创造了有史以来最大的奇迹

生命演化中,形成有机物,形成“抽水蓄能电站”,形成 DNA 都不算什么,有一个极其艰难的终极时刻:复杂生物(真核细胞)的诞生!

因为最原始的生命(原核细胞)----细菌/古菌诞生以后,足足演化了 20 亿年都无法突破单细胞生物(对比:最早的哺乳动物隐王兽只花了 2.25 亿年,就演化到了人类这样的高智商),这是因为原核细胞在物理上遇到了能量的天花板[4]。

直到有一天,一个细菌偶然进入了一个古菌的体内,结果二者竟然没有冲突,而是实现了共生,甚至二者的 DNA 也重组在一起,寄生在古菌中的细菌,演化成为了细胞内的“线粒体”,线粒体专门制造能量货币 ATP,当线粒体原来越多的时候,细胞内能量开始富余,真核细胞就这样突破了“能量天花板”,人类这样的复杂生物才有可能出现。

真核细胞诞生的奇迹时刻

面对这个等了 20 亿年才等到的奇迹时刻,我们现在是不是要感恩一下


8、我们“看见”,是因为物理和化学的作用

眼睛是神奇一样的存在,科学家发现:视网膜上密布着感光的细胞,感光细胞上有能够吸收光的蛋白质,它们记录了光线的信息和位置,说到底,这些感光细胞真的和数码相机的每个像素点一样,把光信号转换成化学信号和电信号传入大脑。

眼睛真的就是一部图数码相机


9、大脑不是看见,而是“感知”

你可能会发现,我们闭上眼睛后,是说不清楚图像细节的,因为我们的大脑并不存储每个像素,而在大脑中,有的细胞负责感知朝向,有的细胞负责感知形状,有的细胞负责感知色彩......,这些感知经过几次聚合后,就形成我们看到的世界,这个过程,就是“深度神经网络学习算法”,也是感知图像的最高效实践!

如果没有生物学对大脑的研究成果,不知现在人工智能的“深度神经网络学习算法”什么时候才能发明出来。

下面这张图证明了我们的大脑就是这个思维:你到一定看到了一个正方形压在四个小圆形之上,而事实上,中间的正方形并不存在,这图不过是四个缺了角的小圆形。

中间的“正方形”存在吗?(注1)


10、神秘的学习不过是神经细胞的物理变化

关于学习,加拿大麦吉尔大学教授赫布发现了“赫布定律”,即“在一起活动的神经细胞将会被连接在一起”。原来,神秘的学习并没有什么灵性,不过是在两个神经细胞之间产生新的连接

两个神经细胞的间距最终会停留在 20 纳米这个恰到好处的距离,这个间距保证了电信号可以被后面的神经细胞捕捉到,同时也保证了两个神经细胞相互独立,而发生在这 20 纳米界面的微小变化是学习的本质,可能是突触内部信号传递效率的提升,也可以是信号接收端的灵敏度提高。

学习发生在20纳米间的位置(注1)

这下就容易明白为什么习惯难以被改变的原因了,因为神经结构发生了物理变化,并不那么容易被改变回来!


04 我们并不特殊,只是幸运

以前,我们会认为我们比其他动物聪明是神的关爱,但是现在看来似乎不太站得住脚了,科学家找到两个重要线索:

  • 人类掌管语言的 FOXP2 基因发生了突变,与黑猩猩的 FOXP2 基因相比,这个能学会语言的基因突变,只有区区 2 个字符的变化。

  • 人类相比其他动物还多隐藏了几个基因,加上 MEF2A 基因开关被特意调慢,导致了人类大脑发育变慢。我们以往羡慕其他生物刚生下来就有接近成年的智力,其实,大脑发育变慢才让人类的大脑在幼年期更可塑,从而产生了智慧。[3]

最终,我们发现自己的生命并不特殊,不过是那些普通的原子,按照不同的排列,形成不同的结构创新,最终由环境选择,那些最稳定的、能够与外界能量互动的、可产生高能效的结构在演化中留了下来,这就是上一篇所说的“构造定律”。

生命中的那些精彩,如果你仔细去感悟,在发现很精彩的同时,也会感到一种莫名的失落,就如一套魔术被揭穿一样,当奇迹破解后,我们看到的是平凡和简单

当奇迹破解后,我们看到的是平凡和简单

当然你非要质疑:为什么会是人类的基因发生了这些突变? 我只能解释为那还是神的意志和关爱!


--- END---

注1:相关示意图来自王立铭的著作《生命是什么》

参考文献:
[1] 王立铭,《生命是什么》
[2] 尼尔·德格拉斯·泰森《140亿年宇宙演化全史》
[3] 仇子龙,《基因科学20讲》
[4] 尼克·莱恩,《复杂生命的起源》,文中解释了为什么原核细胞有“能量天花板”,原文内容如下:

原核细胞所有能量反应都要在细胞膜上进行,细胞膜表面积要变大的话,细胞的体积和消耗能量的速度会增加更快。原核细胞已经很“穷”了,要让它变大,那它只会变得越来越“穷”,所以原核细胞就只能维持着又小又简单的形态。

扩展阅读:
[1]、揭开生命的底层逻辑,是冷冰冰的物理定律(一)
[2]、揭开生命的底层逻辑,是冷冰冰的物理定律(二)

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