2021年6月10日，深圳华大生命科学研究院、青岛华大基因研究院、青欧生命科学高等研究院的罗永伦团队，在Communications Biology期刊发表了题为 A porcine brain-wide RNA editing landscape 的研究文章，黄晋荣博士为第一作者和共同通讯作者。该研究在国际上报道了首个猪脑组织精细RNA编辑图谱，是对哺乳动物中枢神经系统RNA编辑谱的重要补充，为以猪为模型进行神经系统疾病研究提供了重要参考，也为理解转录后修饰机制提供了新线索。
此项研究依托深圳国家基因库完成生物信息学分析，RNA-seq和WGS数据已存储于国家基因库生命大数据平台（CNGBdb），项目编号分别为：CNP0000483和CNP0001045。 分析结果可通过PBRe门户网站获得：https://www.synapse.org/PBRe。
研究背景
RNA编辑（RNA editing）是不改变基因组序列，发生在RNA水平的核苷酸插入、缺失或替换。作为后生动物中一种重要的转录后修饰机制，RNA编辑增加了细胞转录产物和蛋白质的多样性1。过去十年，得益于高通量测序技术和生物信息学的发展，大量RNA编辑位点相继在哺乳动物的各种组织中被发现。与体细胞DNA突变不同，RNA编辑受细胞特定基因家族的催化调控，被编辑与未被编辑的RNA分子可以同时出现在一个细胞内，比例呈动态变化。由ADAR（Adenosine deaminase acting on RNA）酶家族催化的腺嘌呤（Adenosine）到次黄嘌呤核苷（Inosine）的替换，即A-to-I编辑，是哺乳动物最主要的RNA编辑类型，存在于各类组织、器官，特别是中枢神经系统中1。RNA编辑谱的异常与多种疾病有关，且主要是神经系统相关疾病。在罹患精神分裂症、自闭症、胶质母细胞瘤的群体中，均发现了脑组织RNA编辑调控的异常2-4。与小鼠等啮齿类动物相比，猪与人类在解剖学、生理学上有更多相同点，是广泛使用的大动物模型。然而，猪脑组织的RNA编辑尚未得到系统地研究。
研究内容
研究团队以1岁龄巴马小型猪为研究对象，从大脑皮层、下丘脑、脑干、小脑、脊髓等结构的30个区域采集了119个组织样本，进行高深度的DNA和RNA测序。该研究在猪脑组织中发现了约68万个RNA编辑位点，超过97%未被报道过，极大地丰富了哺乳动物RNA编辑数据集。与人、小鼠等其他哺乳动物的前期研究报道一致，在猪脑组织中发现的RNA编辑位点，只有少量发生在蛋白编码区，但却有非常重要的功能。在蛋白编码区的1734个RNA编辑位点中，有64%会引起氨基酸序列的改变，称为recoding位点。携带这些recoding位点的基因，显著富集于神经递质传递相关的生物过程。作者对主要神经递质受体基因进行分析发现，引起氨基酸序列改变的RNA编辑，主要发生在谷氨酸受体基因。其中，GRIA2(Q607R)、 GRIA2(R764G)、 GRIA3(R775G)、 GRIA4(R765G)、GRIK1(Q621R) 和 GRM4(Q124R) 等，都是哺乳动物中保守的RNA编辑位点。
作者进一步对猪神经元转录组数据进行了分析，与猪成纤维细胞相比，诱导后产生的神经元总体上呈现更高的RNA编辑水平；位于GRIA2、GRIK2等谷氨酸受体基因的recoding位点，编辑水平亦出现显著上调。这些recoding RNA编辑，在神经递质传递过程中具有关键功能。例如，GRIA2 (Q607R) 编辑可以降低谷氨酸受体钙离子通透性，进而影响突触信号传递。在猪脑组织中，GRIA2 (Q607R)在不同脑区都接近100%编辑；在猪神经元中，该位点也几乎呈完全编辑状态。前期研究表明，降低GRIA2 (Q607R) 编辑水平，小鼠会出现神经元树突棘丢失、海马 CA1神经元丢失和学习记忆能力减退等现象5。
对不同脑组织RNA编辑的主成份分析发现，来自同一结构（例如，大脑皮层）的脑组织，具有更近似的RNA编辑谱。进一步的比较分析发现，蛋白编码区的RNA编辑位点，不同脑区呈现近似的编辑水平；而位于重复序列区域的RNA编辑位点，倾向于呈现更大的脑区差异性。与其他脑区相比，小脑整体上具有更高的RNA编辑水平。
在哺乳动物中，绝大多数A-to-I编辑都是发生在非编码的SINEs重复序列区域，例如，人类（Alu），小鼠（B1）和猪（PRE）。越来越多的研究表明，重复序列区域的RNA编辑，与细胞内源性双链RNA的识别、转座子调控有关。最后，对人与猪保守RNA编辑位点的比较分析发现，大多数位点的编辑水平在对应脑区中没有物种差异，提示猪在人类神经系统疾病相关的RNA编辑研究中的潜在价值。
该研究的合作方有哥本哈根大学、奥胡斯大学、五邑大学、武汉大学人民医院、卡罗林斯卡医学院等机构。
首发公号：国家基因库大数据平台
参考文献
1. Eisenberg,E. & Levanon, E.Y. A-to-I RNA editing - immune protector and transcriptome diversifier.Nature reviews. Genetics 19, 473-490 (2018).
2. Tran,S.S., et al. Widespread RNA editing dysregulation in brains from autistic individuals. Nature neuroscience 22, 25-36 (2019).
3. Breen,M.S., et al. Global landscape and genetic regulation of RNA editing in cortical samples from individuals with schizophrenia. Nature neuroscience 22, 1402-1412 (2019).
4. Silvestris,D.A., et al. Dynamic inosinome profiles reveal novel patient stratification and gender-specific differences in glioblastoma. Genome biology 20, 33 (2019).
5. Konen,L.M., et al. A new mouse line with reduced GluA2 Q/R site RNA editing exhibits loss of dendritic spines, hippocampal CA1-neuron loss, learning and memory impairments and NMDA receptor-independent seizure vulnerability. Molecular brain 13, 27 (2020).
6. Huang, J., Lin, L., Dong, Z. et al. A porcine brain-wide RNA editing landscape. Commun Biol4, 717 (2021). https://doi.org/10.1038/s42003-021-02238-3
信息来源：“青欧生命科学高等研究院”公众号
图片源于Communications Biology官网和“青欧生命科学高等研究院”公众号。