DOMAINS模块---画结构域、motifs、启动子元件、外显子内含子

这三种图的展示情况是类似的，因此，在SPDE中将其合并在一起。该模块的界面如下：

DOMAINS界面

在四个作图模块中，由于可设置的参数太多，给人以眼花缭乱的感觉。为了避免在这些参数上浪费时间，在SPDE中，凡是用红色标注的是必填选项而其他参数都是后续可以调节的（如②和③）。同时，考虑到SCI的作图习惯，在SPDE中，默认的是Times new Roman字体，如果将结果保存成图片格式（例如tif以及jpg格式），则默认分辨率为600dpi，这些约定俗成的SCI作图规则已经给同学们都设置好，使不必设置，使直接可用。③ default colors是我根据一些SCI常用的配色为大家设置的，建议大家使用该模块时，尽可能使用default colors且每点击一次即会更换一次色彩，直到满意。当然，如果同学们对配色有自己的看法，也可以自行设置。当点击default colors时会在左面的框中显示所使用的颜色，而点击④则会出现调色板，如下图：

调色板

可以使用调色板查找颜色，然后将颜色数值（该模块中使用的时HTML格式）填入对应位置即可。而①则是需要满足的数据格式，点击之后会出现：

数据格式

该部分的数据格式是第一列是基因ID，后面两列是某个结构域或者启动子元件或者motif的起始以及终止位置而最后一列则是其相应名称。为了使同学们能够更加快速地获得符合格式要求的文件，设置了domains模块，如下：

domains模块

首先是保守性motifs，该部分需要结合其他网站进行，例如：

MEME text格式

除该文件外，还要加入基因ID，在设置保存位置并且命名后，点击format按钮即可完成相关文件。如下图：

保守motif文件的生成

对启动子元件的分析也需要有基本的原始文件，植物的可以使用：

植物启动子元件

对于内含子和外显子的文件准备来说，需要的是本物种的gff文件以及需要进行外显子和内含子展示的基因的ID,注意这个ID指的是mRNA关键词所在行上的ID,如下所示：

gff中的ID

将相应文件拖入相应位置后，点击按钮即可生成，如下图所示：

填入相应文件及设置保存位置与命名

对蛋白结构域来讲，同样需要分两步进行，首先需要进行hmmsearch，具体方法如前所述。与之不同的是，在新的版本中，不再需要大家对HMM文件进行格式化了，这次改进程序，可以直接进行计算了。在完成hmmsearch后，将结果放入到

蛋白结构域的生成

而基因长度文件的生成则可以利用如下功能完成

基因长度文件的生成