常用命令记录

压缩当前目录下所有文件

find *.fastq -type f | xargs -I {} tar -cvf - {} | pigz -k > {}.tar.gz
#在-i或者-I后面自定义一个传递参数符号，所有匹配的项都会替换为传递给xargs的参数。
tar -cvf - Aenictocupidus_jacobsonorum_SRX3068055_1.fastq | pigz -k > Aenictocupidus_jacobsonorum_SRX3068055_1.fastq.tar.gz

批量杀死进程

pidof $program_name |xargs -t kill
#批量杀死进程
pidof -x script
#找出shell脚本script的进程PID。
#https://blog.csdn.net/u012398613/article/details/51769513

获得文件名

awk -F '_' 'OFS="_"{$NF="";print}' OFS是使用分割符输出分割内容，$NF=''是让最后一个为空。

sed 's/_$//g'|uniq #将最后一个分隔符替换为空再去除重复
ls -1 |awk -F '_' 'OFS="_"{$NF="";print}' |sed 's/_$//g'|uniq

分隔符是"_"

SRS3009512_Saxidomus_purpuratus_1.fastq
SRS3009512_Saxidomus_purpuratus

Melanotus_cribricollis_SRS2683548_2.fastq    Scarelus_anthracinus_SRS4498597_1.fastq
Micronaspis_floridana_SRS9221576_1.fastq     Scarelus_anthracinus_SRS4498597_2.fastq

获取编号

ls -1  | awk -F '.' '{print $1}' | awk -F '_' '{print $(NF-1)}' | uniq

grep获取带">"的行内容,并以空格分隔。

grep -r ">" predict_atp8.txt | awk -F " " '{print $1}'

获取当前路径下文件信息

ls -1 | awk -F "." '{print $1}' |uniq |sort >>file.list
ls -1 | awk -F "_" '{print $(NF-1)}'
#取倒数第二个域

Listronotus_bonariensis_GCA_014170235.1.fna
ls -1 | awk -F "_" '{print $3"_"$4 }' | awk -F "." '{print $1"."$2 }'
GCF_002938485.1

获取某路径下指定的文件列表

find $DIR_input_scaffolds -name *.fna
worklist=$(find $DIR_input_scaffolds -name *.fna)

搜索ubuntu相关进程

 ps aux |grep 关键词

Linux查看磁盘空间大小命令

df -hl
df -hl 查看磁盘剩余空间
df -h 查看每个根路径的分区大小
du -sh [目录名] 返回该目录的大小
du -sm [文件夹] 返回该文件夹总M数
du -h [目录名] 查看指定文件夹下的所有文件大小（包含子文件夹）
更新详细命令文档：
df --help
du --help

查看硬盘的分区：fdisk -l
查看IDE硬盘信息：hdparm -i /dev/hda
查看STAT硬盘信息：hdparm -I /dev/sda 或 apt-get install blktool 或 blktool /dev/sda id
查看目录占用空间：du -hs 目录名
U盘没法卸载 #sync fuser -km /media/usbdisk

字符串截取

${file#*/}：删掉第一个 / 及其左边的字符串：dir1/dir2/dir3/my.file.txt
${file##*/}：删掉最后一个 / 及其左边的字符串：my.file.txt
${file#*.}：删掉第一个 . 及其左边的字符串：file.txt
${file##*.}：删掉最后一个 . 及其左边的字符串：txt
${file%/*}：删掉最后一个 / 及其右边的字符串：/dir1/dir2/dir3
${file%%/*}：删掉第一个 / 及其右边的字符串：(空值)
${file%.*}：删掉最后一个 . 及其右边的字符串：/dir1/dir2/dir3/my.file
${file%%.*}：删掉第一个 . 及其右边的字符串：/dir1/dir2/dir3/my

记忆的方法为：
    # 是 去掉左边（键盘上#在 $ 的左边）
    % 是去掉右边（键盘上% 在$ 的右边）
    单一符号是最小匹配；两个符号是最大匹配
${file:0:5}：提取最左边的 5 个字节：/dir1
${file:5:5}：提取第 5 个字节右边的连续5个字节：/dir2

参考:  https://cloud.tencent.com/developer/article/1147402

挂载硬盘

#查看现有存储设备
sudo fdisk -l
#将设备sdb挂载到/mnt/usb
mount /dev/sdb /mnt/usb
#取消挂载
umount /dev/sdb

脚本运行输出

名称	代码	操作符	Java中表示	Linux 下文件描述符（Debian 为例)
标准输入(stdin)	0	< 或 <<	System.in	/dev/stdin -> /proc/self/fd/0 -> /dev/pts/0
标准输出(stdout)	1	>, >>, 1> 或 1>>	System.out	/dev/stdout -> /proc/self/fd/1 -> /dev/pts/0
标准错误输出(stderr)	2	2> 或 2>>	System.err	/dev/stderr -> /proc/self/fd/2 -> /dev/pts/0

(bash 1-BUSCO4_work2.sh 1>run.log 2>err.log &)

nohup bash 1-BUSCO4_work2.sh >run.log 2>&1 &

本来1----->屏幕 （1指向屏幕）
执行>log后， 1----->log (1指向log)
执行2>&1后， 2----->1 (2指向1，而1指向log,因此2也指向了log)