2019-07-12

fasta序列条数统计
统计大于号开始的行数或seqkit 工具

通过搜索>的数量

grep -c '^>' myFasta.fasta

seqkit统计提取，速度也是很快的

seqkit stats t.fa -T | grep -v file | cut -f 4

统计 1-100bp 范围长的序列数

cat t.fa | seqkit seq -m 1 -M 100 | seqkit stat -T | grep -v file | cut -f 4