问题产生原因
Electron 14.x.y 开始，Electron 废弃了一个接口：app.allowRendererProcessReuse。
根据其官方文档描述，当设置了 app.allowRendererProcessReuse 为 true 时，render 进程在加载 native module 的时候，如果发生了重新加载代码的情况会自动复用某些底层的初始化代码。
因此，当 Electron 加载 node_sqlite3 的时候，由于加载了旧的结构代码(稍后会解释为什么此处是旧的结构)，在 reload 的时候就崩溃了。
为什么 node_sqlite3 加载的是旧的结构
分析 node_sqlite3 源代码。在 src\database.cc 的代码中可以发现如下的代码：
Napi::Object Database::Init(Napi::Env env, Napi::Object exports) {
Napi::HandleScope scope(env);
Napi::Function t = DefineClass(env, "Database", {
InstanceMethod("close", &Database::Close),
InstanceMethod("exec", &Database::Exec),
InstanceMethod("wait", &Database::Wait),
InstanceMethod("loadExtension", &Database::LoadExtension),
InstanceMethod("serialize", &Database::Serialize),
InstanceMethod("parallelize", &Database::Parallelize),
InstanceMethod("configure", &Database::Configure),
InstanceMethod("interrupt", &Database::Interrupt),
InstanceAccessor("open", &Database::OpenGetter, nullptr)
});
#if NAPI_VERSION < 6
constructor = Napi::Persistent(t);
constructor.SuppressDestruct();
#else
Napi::FunctionReference* constructor = new Napi::FunctionReference();
*constructor = Napi::Persistent(t);
env.SetInstanceData(constructor);
#endif
exports.Set("Database", t);
return exports;
}
参照 "Class property and descriptor" example crashes in Electron render process on reload 的处置结果可知，node_sqlite3 代码在底层实际上已经修复了该问题。但是在 reload 的时候仍然出现了错误的情况，说明修改的代码在预编译的时候并没有生效。即，默认编译的时候，NAPI_VERSION 的值小于 6。
继续分析 node_sqlite3 源代码。发现它使用的是 node-pre-gyp 的组件来进行本地编译工作的。在 node-pre-gyp 项目的 readme 中我们发现，在项目中，可以设置项目支持的 napi_versions。而在 node_sqlite3 的 package.json 中，napi_versions 为：
"napi_versions": [
3
]
即，限定了当前版本最高支持到 napi 版本 3。修改 package.json 中 napi_versions 如下：
"napi_versions": [
3,
4,
5,
6,
7,
8
]
再次 build，这时候就会发现编译的 native module 跟随本地的 node 版本的 napi 版本相同了(由于 electron 中使用的 electron-builder 或者 electron-rebuild，因此此处在后面继续解释)。至此，代码修改部分就基本结束了。
关于 node_sqlite3 在 electron 上 electron-builder 与 electron-rebuild 的使用问题
electron-builder
electron-builder 在 package.json 中需要配置一段 script 脚本："postinstall": "electron-builder install-app-deps"，该脚本就是用来安装 native module 的。
在安装的过程中，会根据 electron-builder 的配置，将 native module 链接到指定 electron 的 node 版本。
通过跟踪代码后发现，其实现原理是调用了 nodejs 的 spawn 函数，执行了 npm install 命令。
追踪 electron-builder 的代码，最后确定该命令的代码位于 app-builder-lib\out\util\yarn.js 中的 installDependencies 方法中。
由于其在 env 中配置了 electron 相对应的 node 的 lib 路径，因此会在 native module build 过程中，直接连接使用 electron 相关版本的 lib。因此，此处的本质还是使用 node-sqlite3 自身的配置对 node-sqlite 进行的编译操作。最多对 node 连接的 lib 做了替换操作。
electron-rebuild
目前项目中并未有 electron-rebuild 的使用。因此，并未细究 electron-rebuild 的技术细节。
根据 electron-rebuild 的文档简介，rebuild 过程中，electron-rebuild 会使用 node-gyp 对需要 rebuild 的 native module 进行 rebuild 操作。从结果来看，rebuild 过程中 napi 版本，连接的 node 版本都是使用的 electron 相应的 node 版本。
但是，编译产生的文件却在 napi-v{napi_build_version}-win32-x64 文件夹中，而不是 napi-v8-win32-x64 文件夹中。这就导致了，electron 加载 node 模块的时候，仍旧加载了旧版本的 node 模块(因为 npm install 的时候就 build 好了该模块)，仍旧出现问题。
当然，如果此时将 napi-v{napi_build_version}-win32-x64 的 node 文件替换掉 napi-v8-win32-x64 文件夹中 node 文件，该问题仍然可以得以解决。
参考
Electron 重大更改
"Class property and descriptor" example crashes in Electron render process on reload