越来越多的同学开始自己尝试做10X单细胞转录组数据分析了，除了Linux的基本命令之外，首先用到的软件是cellranger。失败是成功之母，对一个新手来讲很可能会遇到这样那样的问题。我们该怎么办呢？
确认安装完整性
cellranger是自带了测试数据集的，很小，用来测试很合适。
$ export PATH=/opt/cellranger-3.1.0:$PATH
$ cellranger testrun --id=tiny
cellranger testrun 3.1.0
Copyright (c) 2016 10x Genomics, Inc. All rights reserved.
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Martian Runtime - v3.2.3
Running preflight checks (please wait)...
2016-11-14 09:57:51 [runtime] (ready) ID.tiny.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.SETUP_CHUNKS
2016-11-14 09:57:54 [runtime] (split_complete) ID.tiny.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.SETUP_CHUNKS
...
Pipestance completed successfully!
如果测试没问题说明系统的基本配置是没问题的，就可以用自己的数据来做了。
Specifying Input FASTQ Files for 10x Pipelines
注意cellranger对文件的命名是有要求的，所以在你配置文件的时候，一定要注意:
https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/fastq-input
出错了怎么办？
很不情愿地看到：
[error] Pipestance failed. Error log at:
SampleName/SC_RNA_COUNTER_CS/SC_RNA_COUNTER/CHEMISTRY_DETECTOR/DETECT_CHEMISTRY/fork0/chnk0-u453f821bc4/_errors
看到这个报错就需要去看_errors文件里面写的是什么，一般是一句简单的英语：说明出错的原因。但是这对我们计算机小白来说是远远不够的，于是我们就要用Google来Google这个报错。那么怎么查呢？
google : _errors里面的内容 + cellranger
举个例子：
CHUNK_READS cellranger
出现这种情况一般是reads不完整。
Question: Why did cellranger count fail in the CHUNK_READS stage?
Answer: Corrupt or incomplete FASTQ files are a common cause for pipeline failure in this cellranger count stage.
Corrupt or incomplete FASTQ files typically result from incomplete transfers. To verify that files are identical between source and destination, please use file checksums such as md5sum.
[errors]
...
CalledProcessError: Command '['chunk_reads', '--reads-per-fastq', '5000000', '/pipestance_id/SC_RNA_COUNTER_CS/SC_RNA_COUNTER/_BASIC_SC_RNA_COUNTER/CHUNK_READS/fork0/chnkX-XXXX/files/', 'fastq_chunk', '--martian-args', 'chunk_args.json', '--compress', 'lz4']' returned non-zero exit status 1
[stdout]
...
error: fastq parsing error
caused by: corrupt deflate stream
running chunk reads: [['chunk_reads', '--reads-per-fastq', '5000000', '/pipestance/SC_RNA_COUNTER_CS/SC_RNA_COUNTER/_BASIC_SC_RNA_COUNTER/CHUNK_READS/fork0/chnkX-XXXX/files/', 'fastq_chunk', '--martian-args', 'chunk_args.json', '--compress', 'lz4']]
注意看这个error最后有一句话：returned non-zero exit status 1，也就是它有一个退出码，这个码是什么意思？
可以去问10X官方：[email protected]但是不能只问这个1是什么意思，要给出具体的执行代码和错误信息。10X知道我们肯定会犯错，就把一些执行过程的基本命令和信息都放在了ID-A.mri.tgz的文件里面，所以当我们向别人请教这报错是什么原因的时候，这个文件是需要作为附件上传的。
cellranger可以直接为您上传报错信息：
$ cellranger upload [email protected] tiny/tiny.mri.tgz
这里面都是重要信息：
├── _cmdline【你运行的命令】
├── _filelist【执行过程】
├── _invocation【参数信息】
├── _jobmode
├── _log
├── _mrosource
├── SC_RNA_COUNTER_CS
│ ├── EXPAND_SAMPLE_DEF
│ └── SC_RNA_COUNTER
├── _sitecheck
├── _tags
├── _timestamp
├── _uuid
└── _versions
当然了，你完全可以把这个报错当做一般的脚本提示,到cellranger软件里面看源代码：
path/to/cellranger-3.0.2/cellranger-cs/3.0.2/
多读cellranger的FAQ
https://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/categories/201931746-General-Single-Cell-RNA-seq
这一块那一块的，方方面面的都有：
记住，你并不孤独，你能遇到的问题就不能也叫别人遇到么？