Linux安装blast+及使用

下载解压

网址：

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

选择预编译的linux版本

ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz 

可以用wget ；或者下载后上传服务器

解压

tar -zxvf ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz

解压后的文件名是ncbi-blast-2.10.1+ blast+

我把它修改成了 blast+

绝对路径

/home/user024/blast+

添加环境变量

将BLAST+可执行程序所在目录（bin）的绝对路径加入到环境变量$PATH中，方便通过程序名直接调用。

可以用 vim 编辑器，在 ~/.bashrc文件 最后输入如上一行

按 i 进入输入模式，在最后加入以下行：

export PATH=/home/user024/blast+/bin:$PATH

按 esc 退出输入模式，进入命令模式。输入 :wq 保存并退出

使之生效

source ~/.bashrc

验证

blastn -version

出现版本信息和建立的日期，就证明成功啦

本地化库

参见

ref1：

http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/#

比对程序

建库

makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name

-dbtype 后接序列类型，nucl为核酸，prot为蛋白
-parse_seqids 推荐加上
-out 后接数据库名
-logfile 日志文件，如果没有默认输出到屏幕

比对

blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 

-query： 输入文件路径及文件名
-out：输出文件路径及文件名
-db：格式化了的数据库路径及数据库名
-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应之前BLAST的m8格式
-evalue：设置输出结果的e-value值
-num_alignments 显示比对数Default = 250
-num_descriptions：单行描述的最大数目 default=50
-num_threads：线程

格式6输出结果——

Query id

Subject id

% identity

alignment length

mismatches

gap openings

q. start

q. end

s. start

s. end

e-value

bit score