2020-06-24 Mrbayes 安装及运行

Mrbayes install on linux

1. 安装brew
   • brew 的官方文稿说的是直接到github 上下载install.sh来安装，但是由于众所周知的原因，我们在访问github的时候经常下载失败，所以我把github上的brew install 仓库克隆到了我的gitee仓库，安装可以快很多

   git clone https://gitee.com/Shaolin_Xu/brew_install
   

   • 然后执行以下代码：

   sh /install.sh
   brew install openmpi
   

2. 下载mrbayes源代码
   1. Mrbayes下载网址
3. 安装Mrbayes
   1. 下载完成后，进入mrbayes路径
   2. 我们前面安装的openmpi是为了可以多核并行，因此我们在configure的时候可以加上一个option --with-mpi-yes
   3. 安装：

   ./configure --with-mpi=yes
   make 
   sudo make install  ##这一步需要root权限
   

4. 使用mrbayes
   1. mpirun -np 核心数目 mb