跟着Cell学作图 | Proteomaps图

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跟着Cell学作图 | Proteomaps图

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REFERENCES

Harel M, Ortenberg R, Varanasi SK, Mangalhara KC, Mardamshina M, Markovits E, Baruch EN, Tripple V, Arama-Chayoth M, Greenberg E, Shenoy A, Ayasun R, Knafo N, Xu S, Anafi L, Yanovich-Arad G, Barnabas GD, Ashkenazi S, Besser MJ, Schachter J, Bosenberg M, Shadel GS, Barshack I, Kaech SM, Markel G, Geiger T. Proteomics of Melanoma Response to Immunotherapy Reveals Mitochondrial Dependence. Cell. 2019 Sep 19;179(1):236-250.e18. doi: 10.1016/j.cell.2019.08.012. Epub 2019 Sep 5. PMID: 31495571; PMCID: PMC7993352.

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读图

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蛋白质组图显示蛋白质组的定量组成，重点关注蛋白质的功能。它们是根据蛋白质组数据和KEGG通路基因分类自动建立的。每个蛋白质用一个多边形表示，功能相关的蛋白质排列在共同区域。为了强调高表达的蛋白质，多边形区域代表蛋白质丰度，以蛋白质大小加权。

本文的图显示，TIL(tumor infiltrating lymphocyte )治疗 和Anti- PD1(pro-grammed death 1) 治疗的有反应组(Responders)和无反应组(Non-responders)的差异蛋白(DEPS)的KEGG富集情况。图谱显示TIL处理后DEPS的KEGG通路与抗PD1处理的DEPS的KEGG通路高度相似

示例数据

使用两列tsv格式(TAB分隔)。第一列为基因名称/蛋白质uniprot ID，第二列为相对面积大小/丰度值。两列之间以TAB分隔。

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开始作图

1. 打开链接

   http://bionic-vis.biologie.uni-greifswald.de/

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2. 导入数据点击submit

3. 查看结果

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结果展示

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展示一下不同层次

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注意

使用Proteomaps，需引用：

[1] Liebermeister W., Noor E., Flamholz A., Davidi D., Bernhardt J., and Milo R. (2014), Visual account of protein investment in cellular functions. PNAS 111 (23), 8488-8493.

后记

关于更详细的代码讲解、作者的原代码的一些细节以及我修改的地方会在之后的视频教程中详细讲到，有兴趣的可以关注我的B站【木舟笔记】。

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