数据库

https://academic.oup.com/nar/issue

• sanger 英
• broad institue 美
• UCSC 美

1. 核酸数据库

• DNA数据库
• 基因组数据库
• 基因变异数据库
• 基因表达数据库
• RNA数据库
• 病毒数据库
  INSDC（DDBJ、NCBI、ENA）:http://www.insdc.org/

HGP人类基因组计划 1990-2003 约三亿个碱基对

• 千人基因组 https://www.internationalgenome.org/（1000genomes.org）

2.基因组注释 即基因组注释数据库

2.1 基因组注释

• 基因组数据由原始的测序序列，通过jiangreads组装成scaffolds乃至完成的染色体的基因组序列
• 识别其中的基因序列，分析其产物的功能和结构，寻找不同族群间的变异和规律（群体基因组比较）

2.2 数据库

• Ensembl 人 →脊椎模式生物的基因组注释数据库
• Ensembl Genomes 非脊椎

3.癌症基因组数据库

• TCGA 美国癌症基因组图谱 2006开始
  基因组、表观基因组、转录组、蛋白组、影像组
  介绍网站：https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga
  数据门户：https://portal.gdc.cancer.gov/

• ICGC 国际癌症基因组联盟

4.基因变异数据库

4.1 基因变异

• 单碱基置换
  • 微缺失、微插入
  • 缺失/插入 indels 、重复序列扩增、基因损伤（缺失、插入、倍增）
  • 复杂基因的重组

4.2 数据库

• HGMD 人类基因突变数据库 与人类遗传病相关的
• ClinVar 与人类健康相关的 临床的
• COSMIC （最大最完整的）癌症体细胞突变数据库
• dbSNP 单核苷酸多态性数据：插入、删除、微型卫星、非多态性变异

5.RNA数据库

• RNA家族数据库 Rfam
  Rfam家族分为三大类：非编码RNA基因、结构化cis调控元素、自拼接RNA
  http://rfam.xfam.org/
  http://xfam.org/
  

  xfam

• 非编码RNA数据库 NONCODE（此不包括tRNA、rRNA数据）

• miRNA 数据库 miBase

• RNACentral 整合收集了来自多物种的所有非编码RNA类型的非编码RNA序列
  包含了NONCODE、Rfam等
  https://rnacentral.org/
  

  miBase数据来源

6.基因表达数据库

定性、定量基因的表达，来研究基因调控的作用和结果

• GEO 功能基因组公共数据库
  MIAME标准的数据
  表达的点阵数据array data 和 测序数据NGS data
  -Expression Atlas 基因RNA和蛋白表达数据

7.微生物组学数据库

• 美国 人类微生物组计划 Human Microbiome Project
• 欧EBI 微生物宏基因组数据库 MGnify 不仅是人体中的
  微生物组：关注微生物本身
  宏基因组：更关注环境中微生物群落整体 微生物与其周围的环境、宿主的关系

8.病毒数据库

• 病毒病原体数据库 ViPR
• NCBI病毒数据资源
• 新冠
  GISAID 数据库（原是禽流感病毒的全球倡议数据库）https://www.gisaid.org/
  中国国家生物信息中心的新冠病毒数据库
• 中国国家微生物科学数据中心（微生物组学，从宏观到微观）

9.蛋白质数据库

• UniProt 全球蛋白质序列数据库
• Pfam 蛋白质家族数据库 识别蛋白域
• InterPro 蛋白质家族分类数据库 InterProScan
• PDB 结构
• CATH/Gene3D 结构