CCLE数据库概要(第一节)

CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia),是由Broad Institute 研究所牵头的一项肿瘤基因组学研究项目,涵盖了三十多种组织来源上千种细胞系基因表达情况、突变、拷贝数、甲基化等,是研究肿瘤的利器。

二话不说,先上网址,赶紧注册使用吧。

网址:https://portals.broadinstitute.org/ccle/

首页很简洁,首先我们点击“About”,我们可以看到CCLE数据的基本信息,目前涵盖细胞系为1457,基因84434,特异性数据集136488,突变数据集1159663,分布信息集118661636,甲基化信息集411948577。点击“Open”,可以看到这1457个细胞系的占比。



点击空白处,可以SAVE图标,则可以加载如下页面,我们还可以通过该页面绘制表格。


点击柱形图中对应注释,则可以在饼图里取消该类,如我要取消NA,点击右侧NA的白色方框,则饼图中NA则去除了。


今天就对CCLE数据简单介绍下,接下来我们将会介绍如何利用CCLE绘制基因表达谱,咱们下次GO On。

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