2020-06-19 Fastp官方教程学习笔记

Fastp官方教程学习笔记

资源

1. OpenGene/fastp: An ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor (QC/adapters/trimming/filtering/splitting/merging...)

输入和输出参数

1. 单端：-i -o
2. 双端：-i -I -o -O
3. 如果不指定-o，则对QC前后的序列文件进行质检报告，但是没有输出文件
4. -o如果以gz结尾，则对输出文件进行压缩等级为4的zip压缩
5. --unpaired1和--unpaired2指定的是未配对的文件，如果两个文件的名称相同，则将未配对的read输出到一个文件
6. --failed_out可以指定未通过QC的read
7. --read_to_process仅仅处理部分read
8. --dont_overwrite

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Filtering

1. 质量
   1. -n 指定N的数目最多为多少个
   2. -q 指定好read的phred值
   3. -u 指定不合格的read的最大的百分比
   4. -e指定average的phread值
2. 长度：
   1. -l read的长度不短于该值的时候保留
   2. --length_limitread不长于
3. complexity：
   1. -Y默认为30%，即相邻的碱基必须至少30%是不同的

Adapter

1. -a指定adapter的序列
2. 对于双端测序数据来说，一般不用指定adapter序列，软件可以自动识别
3. 利用--detecet_adapter_for_pe打开自动识别adapter的功能
4. 软件有给出常用的adapter序列，在帮助文件里面有提到
5. --adapter_fasta
6. ==先trimauto_detect_adapter或--adapter_seq，在trim--adapter_fasta==

cut模式

1. -5
2. -3
3. -r

miscellaneous

1. --split_prefix_digits指定把数据分块的prefix
2. -s分块的块数