使用docker获取docker hub中的项目并复现

1. 安装docker

如果在windows上安装的话,那原先在电脑上的vmware就不能使用了,因此本人这里选择在vmware的ubuntu 18.04虚拟机上安装docker,若事先没有安装vmware的话,可以选择在windows上安装。

ubuntu安装docker代码

sudo apt-get update
sudo apt-get install -y docker.io

检测docker是否安装成功

docker version

这里可能会有因为用户权限出问题,可以这样解决点击这里。
安装成功就会下面的图片
使用docker获取docker hub中的项目并复现_第1张图片

2. 获取pnet项目文件

拉取pnet项目镜像

docker pull yisnsiy/pnet

使用docker获取docker hub中的项目并复现_第2张图片

拉取后使用下面的命令看看刚刚获取的镜像是否在docker里面了

docker image ls

在这里插入图片描述
用pnet 镜像生成容器(pnet_test是要生成的容器名,你可以换成自己的名字,yisnsiy/pnet是所要用的镜像名)

sudo docker run --name pnet_test -idt yisnsiy/pnet

看下创建的容器是否成功

docker ps -a

在这里插入图片描述
启动名为pnet_test的容器

docker start pnet_test

进入pnet_test容器

docker exec -it pnet_test /bin/bash

这样就进入装有anaconda和pnet新的系统

3. 运行pnet项目

切换到运行pnet所需的名为pnet_env的虚拟环境

conda activate pnet_env

进入pnet项目的目录

cd /home/code/pnet_prostate_paper

环境和依赖都已经配好了,使用github上的命令运行项目即可
使用docker获取docker hub中的项目并复现_第3张图片
使用docker获取docker hub中的项目并复现_第4张图片

因为docker中系统支持图形化界面比较麻烦,需要对docker的宿主机进行过多操作,而且生成图片的中间数据在此项目中都有,图片也可以在项目所属的github中查看。所以这个项目中不支持查看图片,若有兴趣弄出图形化可以自行捣鼓,此贴为自己捣鼓docker的学习过程的记录。
参考博客
(本人自用)将本地的anaconda环境封装到docker中并导出为压缩包

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