2019-06-04-多基因联合建树MP-EST（mpest）

MP-EST通过maximizing a pseudo-likelihood function 从一组rooted gene trees构建物种树。MP-EST2.0 可以识别和处理genetree的多分支。

installation

MP-EST  是用C语言写的。下载的网址：[mp-est]http://faculty.franklin.uga.edu/lliu/mp-est

下载的包含有Linux ，Mac，Windows多种系统的操作程序。

input data

MP-EST输入的是有根的binary genetrees。可以由ML进化树程序RAXml，phyml,phylip或者paup软件生成的。

the control file

  control file 中不允许注释。control 文件以genetree的文件的名字开头。所以genetree和control file需要在同一个文件夹下。然后需要指定genetree的绝对路径。物种可以是任意的名字，但是在物种名字后面，你必须指定等位基因的数量和名字。

image.png

usertree = 0 ： 程序会生成random tree 作为starting tree
usertree = 1 ： 程序使用user tree 作为starting tree
usertree = 2 ： 优化支长for a fixed tree
usertree = 3 ： 程序将计算具有分支长度的user tree 的log-likelihood 得分
usertree = 4 ： 程序会优化taxa亚集的位置。（不懂）

output

输出文件besttree.tre 包含了建好的nexus format的tree。