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【空间&单细胞组学】第2期：乳腺癌患者经anti-PD1治疗后，肿瘤内变化的单细胞图谱

这周的文献分享，jw给大家讲解了一篇和治疗相关的单细胞文献，内容为：乳腺癌患者经过anti-PD1治疗后，肿瘤内变化的单细胞图谱。

视频已同步到B站：
讲解很细致，大家可以移步B站学习。

下文结合jw的讲解和原文内容，简单介绍一下

背景

前期相关研究已经表明，乳腺癌患者接受免疫治疗后，整体上可以得到一定缓解和延长生存。尽管如此，还是有一部分人没有响应。

是否有一些潜在机制或者标志物可以预测治疗响应，显得十分重要，这也是这篇文章的目的。PD1、PD-L1、淋巴细胞浸润、TMB等等这些都是已知的标志物，此外T细胞克隆扩增也能预示着ICB的治疗响应。这篇文章也是以此为出发点展开的课题。

实验设计

取anti-PD1治疗前后的配对样本，同时进行scRNA-seq和scTCR-seq。根据T细胞的克隆型将病人分成了克隆扩增(E)和没有克隆扩增(NE)两组。

结果

文章的很多结果都是在治疗前/治疗后，E / NE这样的分组之间进行比较。



作者将同时具有激活、耗竭特征的T细胞命名为Tex cells(experienced T cells)。这类细胞有增殖特征，表达PD1分子，且E组比NE组更高。从细胞占比来看，这类细胞在E组也更多。

这些数据表明：表达PD1的T细胞百分比和T细胞克隆扩增相关，在anti-PD1治疗后，CD8+和CD4+的Tex细胞是主要的扩增T细胞。


拟时序分析发现，在naive T向CD8+ Tex细胞转变的路径后期，来自E组的Tex细胞比NE组更多。



CD4 T细胞进行了类似的分析，发现在naive T向CD4 Tfh以及CD4 Th1细胞转变的路径后期，来自E组的细胞比NE组更多。

结合上面两个内容，作者认为CD4 Tfh和CD4 Th1支持了CD8+ Tex的功能


接着探究了一下，是否存在一个signature可用于预测T细胞的克隆扩增。


对DC细胞的分析表明，DC细胞具有免疫响应的特征，可以支持T细胞的功能。

紧接着对巨噬细胞、肿瘤细胞进行分析...

然后是细胞通讯分析...

总结与讨论

  • 课题系统评估了经ICB治疗后，乳腺癌患者的肿瘤内细胞和分子层面的变化；
  • 乳腺癌患者在接受anti-PD1治疗后，是否有一些标志物可以预测T细胞克隆扩增？作者在pre-treatment的免疫微环境中，找到了一些特征。

讲得很棒，我也就听了3遍吧~

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    用Dom4J解析xml,以前没注意,今天使用dom4j包解析xml时在xpath使用处报错      异常栈：java.lang.NoClassDefFoundError: org/jaxen/JaxenException异常       导入包 jaxen-1.1-beta-6.jar 解决; &nb
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