利用diamond进行dbcan数据库建库并进行CAZyme注释（2022.8）

利用实验室服务器，没有管理员权限很麻烦，但最后还是完成了。

首先，下载cazyme数据库，直接wget就行。官网http://cys.bios.niu.edu/dbCAN2/

wget -c http://cys.bios.niu.edu/dbCAN2/download/CAZyDB.07312018.fa

但是不知道为什么无法访问这个网站，直接挂v打开也不行。那就去找找有没有别的，在内布拉斯加大学林肯分校一个实验室下找到了。喜大普奔。

Index of /dbCAN2/download (unl.edu)

 不知道怎么下载（hahaha实在是太菜鸟了），另存为是.fa.txt不知道能不能直接删掉txt后缀编程fasta文件（有没有人能解答？）。然后我就走弯路，用python下载了。

import wget 

url = 'https://bcb.unl.edu/dbCAN2/download/CAZyDB.07312018.fa'
file_name = wget.download(url)

ok下好了，传入服务内建库。大概15秒，完成会会得到一个dmnd后缀文件。

diamond makedb --in CAZyDB.07312018.fa --db CAZyDB.07312018

开始比对。大概40秒，在原序列文件夹下输出一个out后缀文件。大功告成！

for file in [序列文件夹]/*.faa; do diamond blastp -q "$file" -d [数据库文件夹]/CAZyDB.07312018.dmnd -f 6 -k 1 -o "$file".out -e 0.00001 -p 20; done